In Nature van 18 maart staat een artikel over de donkere kant van de "beste vaders in het dierenrijk". Bij zeepaardjes legt het vrouwtje de eieren in een soort buidel en de mannetjes bevrucht deze eitjes dan. Soms gaat het mannetje echter niet zuinig om met de eitjes. Seksuele selectie is er aan de gang...

Originele artikel:

Paczolt, K.A. & Jones, A.G. (2010). Post-copulatory sexual selection and sexual conflict in the evolution of male pregnancy. Nature 464, pp: 401-404.

Het plasmamembraan van een typische dierlijke cel. Een plasmamembraan bestaat uit een (enkele of hier dubbele) laag fosfolipiden (blauwe bolletjes met staartjes) met eiwitten en cholesterolen.

Het genoom is een term dat bekend is bij veel mensen, als je aan het genoom denkt, denk je meteen aan DNA, genen of erfelijkheid. Het membranoom is een term die zelden gebruikt wordt. Waarschijnlijk voor het eerst gebruikt door Cavalier-Smith¹, die vindt het namelijk leuk om nieuwe termen te verzinnen. Een enkel keer zie je misschien het woord verschijnen bij andere wetenschappers, maar daar blijft het ook bij. Het membranoom is de totale set van membranen in een organisme.

Lees verder ...

"Paleontologie en Vertrebraten"

Is de naam van één van de vakken die ik morgen heb bij de start van de komende periode.

Als ik zo'n beetje de hoofdstukken uit m'n schoolboek doorblader gaat het grootste gedeelte over de fylogenie van gewervelden. We krijgen er ook nog eens een leuke docent voor die het vak gaat geven.

Dit vak zal dus waarschijnlijk mijn favoriete vak worden van m'n opleiding!

Het 20S proteasoom van een actinomycetale. Er werd eerst gedacht dat de versie van actinomycelates 'open' was en die van archaea en eukaryoten 'dicht' was (bij de laatste is er dus een eiwit betrokken wat het proteasoom opent om z'n werk te doen wat het proteasoom veiliger maakt). Later bleek dat ook actinomycetales 'dicht' zijn en dat maakt de actinomycetale proteasoom extra verwant aan die van archaea en eukaryoten.

Jawel, nog een derde deel! Ik had zelf ook verwacht dat het na deel 2 afgerond was, maar het verhaal heeft nog een zweepstaartje (get it? ;-)). Even een paar belangrijke kernpunten herhaald^1,2:

Lees verder ...

Het blad Evolution: Education and Outreach is bedoeld voor een breed publiek, van student tot wetenschapper. Vorig jaar stond een speciale editie over overgangsvormen in zijn geheel gratis online (waarschijnlijk in verband met het Darwinjaar). Toen ik een paar weekjes geleden weer keek op de site was het overgrote deel niet meer gratis toegankelijk. Een aantal zijn dat nog wel zoals een artikel over weekdieren en over de evolutie van een paar groepen aquatische reptielen (ook interessant, daar niet van), maar het artikel dat ik wilde hebben was dat niet meer. Gelukkig kostte het me niet veel moeite het artikel toch te krijgen. Het had namelijk een zeer interessant stukje over de eieren van krokodillen en dinosauriërs die ik wilde delen (zeker gezien de fossielen vondsten van vorige week).

De overgang in de kalkschaal van het ei en dinosaurusfylogenie.

Lees verder ...

Vandaag had ik een tentamen Voortplanting en Embryologie. Ik heb er zelf wel een goed gevoel over, maar ik weet pas zeker hoe ik hem gemaakt heb op het moment dat ik me cijfer terug krijg. Eergisteren kreeg ik in de mail de inhoud van de Nature van deze week en gisteravond zag ik ook de inhoud van Science van deze week.

Blijkbaar is het de week van de dinosaurus....

Lees verder ...

Links de zijkant van het 20S proteasoom, rechts de bovenkant. Blauw zijn de beta subeenheden (de protease gedeeltes) en groen de alfasubeenheden (de ATPase binding gedeeltes).

Samenvatting van deel 1:

- een proteasoom is een eiwitcomplex om andere eiwitten af te breken (een protease)
- archaea en actinomycetales hebben een 20S proteasoom

- eukaryoten hebben een 26S variant (een 20S proteasoom met 2 subgedeelten extra)

- veel eubacteriën hebben HslVU met dezelfde functie
- HslVU bestaat uit een HslV (een protease) en een HslU (een ATPase)
- HslV lijkt op een versimpelde versie van een 20S proteasoom
- proteasomen zijn geëvolueerd uit HslV, HslU is vervangen voor AAA+ ATPase
- evolutie de andere kant op is onwaarschijnlijk.

Proteasomen zijn dus geëvolueerd uit HslV. In deze blog ga ik het hebben over welke bacteriën HslVU hebben, of horizontale genenoverdracht met de evolutie van proteasomen te maken hebben en wat de gevolgen zijn voor de fylogenie.

Lees verder ...

Een computergegenereerde afbeelding van een 26S proteasoom volgens eiwitvouwing, blauw is het 20S gedeelte, de rode 'kappen' zijn de 11S subgedeelten, vergelijkbaar met 19S subgedeelten die proteasomen van eukaryoten allebei hebben (elk voor aparte gelegenheden).

Het proteasoom is een gigantisch complex van vele eiwitten. Dat moet ook wel, want dit complex heeft als belangrijkste functie dat het eiwitten, die overbodig of beschadigd zijn, moet afbreken. Dit soort eiwitcomplexen worden Proteasen (of peptidasen) genoemd. Eukaryoten en archaea hebben dit eiwitcomplex, wat trouwens nog een bewijs is voor hun dichte verwantschap tegenover andere bacteriën (iets wat voor het eerst bleek uit de rRNA boom van Woese). Er is een bepaalde groep eubacteriën die ook proteasomen heeft. Dat zijn de actinomycetales, deze behoren tot de Actinobacteria (groepje gram-positieve bacteriën).

Lees verder ...

Een door de computer geïllustreerde afbeelding van een mitochondrium.

Mitochondriën zijn organellen van onze cellen, net zoals de celkern en bladgroenkorrels (chloroplasten). Mitochondriën zorgen voor energie. Via nogal wat processen binnen en buiten deze organellen wordt ADP omgezet in ATP (de 'energiemolecuul') die de cel kan gebruiken om andere processen te doen (en dus te leven). Mitochondriën bevinden zich in bijna alle eukaryoten (organismen met een celkern) en (bijna) elke cel bevat vele mitochondriën.

Lees verder ...

De oudste voetafdrukken van Polen (en daarbuiten)

Elke periode in de geschiedenis van de Aarde heeft een paar speciale ontwikkelingen. Voor het Devoon waren dat de hoge diversiteit aan vissen, de opkomst van echte landplanten en de opkomst van de eerste tetrapoden (de viervoeters, oftewel zoogdieren, reptielen inclusief vogels en amfibieën).

Lees verder ...

Ik ben lang weggeweest en dat was niet echt mijn bedoeling. Inmiddels zit ik al bijna halverwege het 2de jaar van mijn opleiding (de tijd gaat snel!) en me studie en andere dingen hebben veel tijd ingenomen. Het gaat echter wel goed hoor (voor die enkeling die het zich afvraagt).

Ik pak mijn verhaal gewoon weer op waar ik gebleven was...

Fylogenie - een plakkerige web of een glimmende ring?

Lees verder ...

Het erkennen van de diversiteit.

Carl Linnaeus is de vader van de moderne taxonomie. Deze man deelde in de 18^de eeuw de levende wereld in 2 rijken: Dieren en Planten (de Mineralen even achterwege gelaten)¹. Deze indeling bleef lang populair (tot ongeveer de jaren ’50) zelfs nadat latere wetenschappers andere rijken hadden voorgesteld. Ernst Haeckel  bijvoorbeeld gaf de eencellige organismen een eigen rijk genaamd Protista². Copeland voegde daar Monera aan toe (wat wij verstaan onder de bacteriën)³ en uiteindelijk voegde Whittaker daar het vijfde rijk toe: Schimmels⁴. Het balletje begon in deze jaren een beetje te rollen,  men stapte af van de tweestrijd en volgde een model met 4 of 5 rijken (afhankelijk van protista). Latere rijken zijn ook voorgesteld als Archezoa of Chromista, maar deze hebben nooit brede acceptatie gekregen.

Lees verder ...

Lees verder ...