Admin: Qabouter
Wetenschap
De groep Wetenschap is bestemd voor bijdragen met een wetenschappelijk onderwerp.
Het Volkskrantblog is niet compleet zonder een groep voor wetenschappelijke publicaties.
Vanochtend vroeg is het gelukt de deeltjes in de LHC op 7 TeV te draaien. Hiermee is het oude record, vorig jaar door de LHC gezet, van 2.3 TeV verbroken en heeft de machine de energie bereikt waarop het de komende twee jaar zal draaien. Daarna volgt een pauze van 12 maanden voordat we naar de 14 TeV gaan waarvoor de machine gebouwd is. Met 7 TeV kunnen we wel even vooruit. Met name kunnen we op zoek gaan naar de deeltjes waaruit donkere materie is opgebouwd. Voor de Higgs zal het moeilijk worden, maar niet onmogelijk. Daarover later meer.
In verband met bepaalde claims van een
medeblogger wat betreft de betekenis van knockout experimenten
bij muizen voor de functie van de verwijderde genen probeer ik
wel eens duidelijk te maken dat normale
laboratoriumomstandigheden niet de omstandigheden zijn waarvan je
mag verwachten dat je meteen achter die functie zult komen
(zie
ook hier).
Maar eigenlijk is de situatie in de standaard dierenlaboratoria nog een beetje erger. Onder de titel Fat rats skew results verscheen er vorige week in Nature een nieuwsbericht naar aanleiding van een artikel van Bronwen Martin uit de groep van Mark Mattson dat verscheen in Proceedings of the National Academy of Sciences USA (kunt u het nog volgen).
Martin en collega’s lieten zien dat de normale labomstandigheden (relatief kleine kooi, altijd voedsel en water tot je beschikking) er voor zorgen dat de dieren snel zwaar worden. De dieren hebben verhoogde cholesterol gehaltes en neigen er toe diabetes te ontwikkelen. Met andere woorden, wat wij normale proefdieren noemen zijn eigenlijk proefdieren met overgewicht.
De auteurs laten ook zien dat alleen om de andere dag voeren, of het dier een beetje te laten sporten (door ze een loopwiel te geven) de situatie kan normaliseren, maar dat je dan ook zo hier en daar andere resultaten zult vinden in je experiment.
Uit de chronobiologie was al langer bekend dat een dier met een loopwiel een ander dag-nacht ritme en een andere verdeling van slaap en waken laat zien dan een dier zonder loopwiel, maar deze ingreep heeft dus ook invloed op de uitkomst van andere metingen zoals genexpressie, hormoonspiegels, maar ook de uitkomsten van gedragsonderzoek naar leren en geheugen.
Daarnaast zou dit de oplossing kunnen zijn van een raadsel dat al tientallen jaren staat en waaruit blijkt dat dieren waarbij de inname van calorieën vrijwillig of door de experimentator wordt gelimiteerd langer leven dan controle dieren die zoveel mogen eten als ze maar willen. Hoe dat precies werkte was niet helemaal duidelijk. Nu blijkt dat de ‘normale dieren’ eigenlijk te vet zijn en langzaam maar zeker diabetes ontwikkelen zou het wel eens zo kunnen zijn dat de beperking van de hoeveelheid calorieën er voor zorgt dat die dieren langer gezond blijven en juist daardoor een hogere leeftijd bereiken.
Dit betekent echter niet dat we al het dieronderzoek dat tot nu toe gedaan is maar weg moeten gooien. Maar, afhankelijk van wat er in het verleden precies is onderzocht en hoe dat is gedaan is het wel belangrijk om hier rekening mee te houden.
Vandaag kwam ik deze blog tegen. Een blog over gezond voedsel voor kinderen. En een blog over een Happy Meal dat een jaar geleden is aangeschaf en op de kast geplaatst. Op 3 maart vierde de schrijfster het 1-jarige bestaan van dat Happy Meal op de plank, door het uit te pakken en foto's te trekken.
Omdat de site slecht bereikbaar is en om meer ruchtbaarheid aan haar experiment te geven, plaats ik de volledige tekst en uitleg hieronder, in replica, vooralsnog zonder toestemming. Omdat het zo interessant is!
Happy Birthday to My Happy Meal
By Nonna Joann • Mar 3rd, 2010 • Category: Nonna's Nutrition News & Views
Happy Birthday to You, Happy Birthday to You.
Happy Birthday, Dear Happy Meal, Happy Birthday to You!
I know it’s hard to
believe. Time flies, doesn’t it? My eyes tear when I
think today, March 3, is my Happy Meal’s first birthday.
They grow up so fast, don’t they?
I purchased a Happy Meal, not to eat, but to observe and blog about. Yes, I bought a Happy Meal and then placed it on my office shelf, right behind me and my computer. It sat on my shelf for a year as a silent witness to our fast food industry.
It smelled delicious for a few days. I’d get a whiff of those yummy French fries every time I walked into my office. After a week or so, you could hardly smell it. My husband worried that when the food began to decompose, there would be a terrible odor in our home. He also worried the food would attract ants and mice. He questioned my sanity.
No
Worries
NOPE, no worries at all. My Happy Meal is one year old today
and it looks pretty good. It NEVER smelled bad. The food did
NOT decompose. It did NOT get moldy, at all.
This morning, I took it off my shelf to take a birthday photo. The first year is always a milestone. I gave it one of my world famous nonna hugs as we’ve been office mates for a year now! (Okay, maybe my sanity is in question.)
What’s WRONG
with this picture?
The photo above on the left is the one I took today. Because
Colorado has an arid climate, over the year the moisture has
been slowly pulled from the Happy Meal. The bread is crusty and
if you look closely, you will see a crack across the top. The
hamburger has shrunk a bit and still resembles a hockey puck.
Yet, the French fries look yummy enough to eat. I never had an
odor problem, after a couple of weeks, I couldn’t even
smell the fries.
Now look at the photo, I took it a year ago. Not much difference. The bread is plumper and the fries a tad bit perkier.
What’s not HAPPY
about a Happy Meal?
Picky eaters universally love junk foods. They won’t
touch veggies and sometimes refuse to eat the food their moms
prepare. Out of desperation, parents give in and purchase the
food their picky eaters will eat…junk food.
The next time you’re tempted to purchase a Happy Meal for your child, think about these photos. Food is SUPPOSED to decompose, go bad and smell foul…eventually. When I was a kid, I remember our garbage pail for the left over food scraps was kept by our back door. After a couple of days, flies deposited their larvae (maggots) in the meat. When I would lift the lid, I would see the recently hatched maggots wiggling on the putrid mess. A fly never bothered to land on the tiny hamburger patty on my office shelf.
Food is broken down into it’s essential nutrients in our bodies and turned into fuel. Our children grow strong bodies, when they eat real food. Flies ignore a Happy Meal and microbes don’t decompose it, then your child’s body can’t properly metabolize it either. Now you know why it’s called “junk food.”
I think ants, mice and flies are smarter than people, because they weren’t fooled. They never touched the Happy Meal. Children shouldn’t either.
Read Nonna’s Happy Meal Blog, CLICK HERE.
Is this nice, or what?
Who needs junk food, anyway?
Het deed me denken aan een pizza met spinazie die ik 3 maanden in de vriezer had laten liggen (ik eet die dingen niet zoveel, ik kook liever); toen ik 't ding opwarmde, proefde ik eigenlijk enkel nog zout. Met een paar draadjes spinazie erdoor...
Planck's schilderij van stof in de Melkweg
Vorig jaar werden op 14 mei twee Europese ruimtetelescopen
gelanceerd: de Herschel en de Planck. Van de infraroodtelescoop
Herschel liet ik onlangs zien dat we leren uit welke stoffen
structuren in de kosmos bestaan. Van de Planck telescoop, het
koudste ruimteschip dat de mens ooit gelanceerd heeft, had ik nog
niet zoveel gezien, maar vandaag publiceerde ESA intrigerende
foto's.
Planck heeft een instrument, het High Frequency Instrument dat
het stof dat rond de Melkweg hangt in kaart brengt. Dat hebben we
nog nooit goed kunnen zien. Plancks beelden leverden dit
"schilderij" op.

We zien hier ongeveer 50° van de sterrenhemel. Kleur in dit
beeld verhoudt tot verschillende temperaturen van stof. In
wit-roze is stof te zien van enkele tientallen graden boven het
absolute nulpunt. Diepere kleuren relateren tot stof van ongeveer
-261°C of 12 Kelvin. Warmer stof is geconcentreerd rond het vlak
van de Melkweg, de witte band onderin. Het stof boven en onder is
koeler. Het stof in deze foto is 500 lichtjaar of
dichterbij.
De kleuren van bovenstaande foto zijn samengesteld aan de hand
van Planck beelden bij golflengten van 540 en 350 micrometers en
beelden in de 100 micrometer golflengte, zoals door de IRAS
infrarood telescoop vastgelegd in de jaren '80. Eind mei verwacht
ESA dat de Planck telescoop koud stof aan de sterrenhemel
helemaal in kaart gebracht heeft.
We zien hier gigantische filamenten van koude stof zich
uitstrekken door onze Melkweg. Analyses van deze structuren
kunnen ons iets leren over hoe ons Melkweg gevormd werd. "Wat die
structuren veroorzaakt heeft is nog niet goed begrepen", zegt Jan
Tauber, ESA projectwetenschapper voor Planck. Er zijn vele
krachten in de Melkweg aan het werk die het stof in filamenten
vormen. De draaiing van de Melkweg zorgt voor spiralen met
sterren, stof en gas. Zwaartekracht heeft ook een belangrijke
invloed. En dan heb je nog straling, deeltjesstromen (jets) en
magnetische velden. De helderste vlekken in dit beeld zijn
plekken waar materie dicht opeen zit en waar sterren zich kunnen
vormen.
Kortom, hier kunnen wetenschappers zich de komende jaren nog even
op stukbijten.

Met de Herschel telescoop kan men detailopnamen maken van wat
Planck gevonden heeft. Dus ook van de structuren die we nu met
Planck ontdekt hebben.
Bronnen: ESA
Science
De elektrische auto komt er aan, de EV wordt de meest verkochte auto. De autofabrikanten laten allemaal zien dat de EV de keuze van de markt is.
Ik denk dat er nog maar een innovatie nodig is, de
laadrobot.
Je parkeert je EV dan gewoon voor de deur, binnen het bereik van
de laadrobot
Die ziet dat je je EV op de juiste plaats hebt geparkeerd en
herkent dat het echt jouw auto is. Vervolgens zorgt de laadrobot
er voor dat de EV aan de lader komt te hangen.
De slimme lader gaat vervolgens kijken of er nog geld is te
verdienen met het samen met anderen leveren van stroom, als er
een piekvraag is.
En natuurlijk zorgt hij er voor dat de accu weer voldoende is
opgeladen, naar jou behoefte. Hoe die behoefte het gemakkelijkst
wordt vastgesteld, en je voorkeur in de lader wordt ingebracht,
dat moet ook nog even worden uitgevonden.
De slimme lader zal vast je agenda kennen.
Als je weg wilt rijden, zorgt de laadrobot er natuurlijk voor dat
hij de verbinding op tijd heeft verbroken. En faalt er iets dan
blokkeert hij de auto. Zodat je het ding zelf kunt
afkoppelen.
http://www.dutch-ev.nl/grid-cloud
Zolang de actieradius nog niet oneindig is, zullen er range
extenders zijn.
Smart grids? dat is voor ouderwetse kolencentrale exploitanten.
De slimme laders die EV consumentengaangebruiken, zijn veel slimmer en sneller slim, dat de elektriciteitsbedrijven ooit kunnen volgen.
Oke, houdt u vast, dit wordt
een lange zit.
Ten eerste is het mij niet helemaal duidelijk hoe dit hoofdstuk heet. Boven het hoofdstuk staat: De onverwachte afstamming, maar in de inhoudsopgave en literatuurverwijzingen staat: Takken zonder stam. Zoek het maar uit. Waarschijnlijk 1 van die typefoutjes die Borger er in heeft gelaten (Een puur filosofische vraag: is dit 1 mutatie of zijn het er 25?)
Het hoofdstuk begint met de oudste zoon van de laatste tsaar van Rusland die een erfelijke bloedafwijking had. Een mutatie op het X-chromosoom die uiteindelijk terug te voeren is op koningin Victoria van Engeland. De mutatie binnen de diverse families toont de verwantschap van alle getroffenen aan. Aan het begin van het hoofdstuk geeft Borger dus toe dat je wel degelijk stamboomonderzoek kunt doen door naar de genen van verschillende mensen te kijken.
De voorwaarde is reproductieve continuïteit: er moet een ononderbroken bloedlijn zijn. Voor soorten die nakomelingen nalaten, is reproductie een waargenomen feit. Maar er is geen manier om vast te stellen of soorten die zich niet met elkaar voortplanten, ooit een gemeenschappelijke voorouder hebben gehad. Voor niet-reproducerende soorten kan gemeenschappelijke afstamming daarom nooit worden bewezen. Alleen maar verondersteld.
Het gekke is dat Borger hier toch ook een veronderstelling inbouwt, die alleen maar bewezen wordt omdat de Tsarevitsj dus werkelijk de bloederziekte heeft. Borger veronderstelt hier namelijk dat de Tsarevitsj een afstammeling is van koningin Victoria en biologisch gezien familie is van al die andere neefjes. Alleen het feit dat hij dezelfde ziekte heeft als die andere neefjes bewijst dat de veronderstelling klopt. Tenzij Borger vanaf koningin Victoria getuigenverslagen heeft van reproductieve continuïteit en dus alle concepties en geboortes over 4 generaties in de hele familie heeft waargenomen (of laten waarnemen) en genoteerd, maar ik neem aan dat dat niet het geval is.
Reproductieve continuïteit is dus het eerste doel waar Borger zijn pijlen op richt. Volgens Borger was het August Weismann die als eerste inzag dat reproductieve continuïteit een essentiële voorwaarde voor Darwins gemeenschappelijke afstamming moest zijn. En Weismanns doctrine stelt dat we een ononderbroken continuïteit moeten vinden van totipotente cellen die de geslachtscellen voortbrengen, indien alle levende organismen door gemeenschappelijke afstamming met elkaar verbonden zouden zijn. Klinkt logisch nietwaar?
Alleen… wie zoekt naar de Weismann doctrine vindt een totaal andere omschrijving. Een omschrijving die gaat over de richting van overdracht van de erfelijke gegevens (van het genoom naar de rest van de cel, maar niet omgekeerd zoals Lamarck zou hebben gedacht). Weer een geval van de klok en de klepel, en slechte literatuuronderzoek.
Om zijn eigen visie van de Weisman doctrine te ontkrachten citeert Borger een stuk uit het Evolutionary Manifesto van John A. Davison. En wel het stuk beginnend met
The actual facts are as follows. In birds the cells destined to become the germ cells first appear…
Belangrijk hierbij is het stuk dat zegt:
Thus, there is no way that the reproductive cells of mammals can be homologized with those of birds as they originate from opposite ends of the embryonic axis and reach the gonads by completely different means.
En dat is waar Borger in het vervolg op hamert.
De voortplantingscellen van vogels, zooggewervelden [sic] en amfibieën [ontstaan] op totaal verschillende manieren.’
Wat Borger niet in de gaten lijkt te hebben is dat Davison hier niet het idee van reproductieve continuïteit (toch ook van Weismann) aanvalt (wat volgens mij al uit het citaat blijkt), maar Weismanns idee van the continuity of the germ plasm, een alinea eerder door Davison genoemd.
According to this concept there has been an unbroken chain of reproductive cells which through modification have produced the many life forms that have existed, a chain that exists to the present day.
Borger haalt hier dus drie concepten door elkaar (de Weismann doctrine, reproductieve continuïteit, en de continuity of the germ plasm) en probeert de reproductieve continuïteit te falsificeren met argumenten die alleen de continuity of the germ plasm falsificeren.
Als klap op de vuurpijl vermeldt Borger dat hij hier ook nog een email naar Davison aan heeft besteed. Op dit punt moet er dan toch op zijn minst een lichte spraakverwarring zijn geweest. Borger bedoelde tenslotte met de Weismann doctrine iets totaal anders dan de officiele definitie. In een email liet hij [Davison] me weten dat de biologische feiten dan weliswaar tegen een continuïteit van geslachtscellen pleit, ze pleiten niet tegen reproductieve continuïteit. (zoals ook uit het citaat van Davison blijkt).
Desalniettemin komt Borger op basis van het voorgaande toch tot de conclusie dat er sprake is van reproductieve discontinuïteit. Hoe? Joost mag het weten.
(Overigens heb ik nu uit het stuk van Davison de definitieve bevestiging dat zooggewervelde de vertaling is van vader Borger van het woord mammal (=zoogdier).)
Hierna neemt Borger zijn toevlucht tot het boek Evolution: A theory in crisis van Michael Denton, maar wanneer ik het wikipedia bericht daarover lees heeft Denton er nog minder van begrepen dan Borger (Uit het boek van Denton komt blijkbaar al dat onnozele geneuzel over het cytochroom C eiwit vandaan dat we de afgelopen jaren op Borgers blog hebben gezien).
Vervolgens komen we bij een genetische analyse uitgevoerd door Craig Venter. Hij publiceerde niet alleen het menselijk genoom, maar in 2003 ook een eerste ruwe versie van het genoom van zijn hond Shadow. Borger publiceert in zijn boek alleen de alinea uit New Scientist beginnende met This quick-and-dirty approach still revealed…, maar hij (of Borgers vader) vertaalt dat met Deze aanpak bracht aan het licht…
Niets quick and dirty, geen terughoudendheid over de methode, terwijl in de alinea ervoor nog wordt geschreven dat To fill in gaps and correct mistakes, this process has to be repeated several times. Yet the dog sequence only has 1.5 times "coverage", whereas 10 times was the gold standard for our genome… en dat deze resultaten dus met een flinke slag om de arm moeten worden benaderd. Nee hoor. Borger vervolgt met:
Deze hypermoderne genetische analyses zien [sic] dat mens en hond dichter bij elkaar staan dan mens en muis.
Jumping to conclusions op basis van preliminary data heet zoiets. Hetzelfde doet hij vervolgens met de eerste publicatie over de analyse van vleermuizen, paarden en koeien (hier al op zijn blog besproken). Zodra gegevens in Borgers straatje passen laat hij zijn kritische houding meteen varen. Ook een manier om ‘wetenschap’ te bedrijven, maar uiteindelijk kan er op deze manier maar 1 conclusie worden getrokken en dat is dat Borger (altijd) gelijk heeft.
Er zit nog veel meer gekkigheid in het volgende stuk, en dit allemaal hier herhalen en analyseren zou te ver voeren, maar ik zal 1 voorbeeld geven hoe Borger de boel zit te manipuleren.
Borger refereert naar een artikel waar de DNA-sequenties van histon4 worden vergeleken. De DNA code van histon 4 lijkt nog het meest op die van een fruitvlieg. Wie het bewuste artikel bekijkt ziet inderdaad in een figuur van dat artikel dat dat het geval is, maar we moeten wel in het oog houden wie de andere kandidaten waren waarmee hier werd vergeleken. Dat waren nl. de zeeraket (een plantje), een gist, en giardia (een 1cellige parasiet) en een hele serie bacteriën. Zo bekeken is het helemaal niet zo gek dat die van de mens nog het meest lijkt op die van een fruitvlieg (het enige ander meercellige dier in de vergelijking).
De resultaten van Zhang en Chinnappa over Cytochroom c die Borger ook in zijn blog vermelde komen in dit hoofdstuk ook aan de orde. Maar voordat Borger naar de resultaten gaat komt hij eerst met de volgende bewering over cytochroom c, een gen met bijbehorend eiwit dat in vrijwel elk levend wezen te vinden is.
Een groot deel van de circa hondert aminozuren kan ook nog eens worden vervangen door equivalente aminozuren zonder dat daardoor de functie verloren gaat. De DNA-code voor cytochroom c kan daarom ook uitermate variabel zijn. In de natuur zouden een vrijwel onbeperkt aantal verschillende eiwitten kunnen voorkomen.
Borger zegt dit op basis van, jawel, een pagina in Talkorigin (waarvan hij vorige week nog zij dat hij dat niet meer accepteert als referentie), waaruit hij dan ook een stukje citeert. De opmerkelijke observatie waar Borger aan voorbij gaat is dat er, ondanks de mogelijkheid, niet een onbeperkt aantal verschillende cytochroom c eiwitten in de natuur voorkomt, maar dat er een duidelijke relatie is tussen soorten die veel op elkaar lijken en hun cytochroom c eiwit en gen. Er is een mooie stamboom op te bouwen met behulp van cytochroom c die redelijk overeenkomt met de stamboom die gemaakt zijn op basis van andere kenmerken.
Vervolgens komt Borger met een paar (streng gekeken zijn het er maar 2) anomaliteiten in de dieren en plantenwereld op waarbij gevonden is dat bepaalde organismen cytochroom c sequenties hebben die niet lijken op die van wat naar verwachting verwante soorten waren, maar eerder lijken op die van totaal verschillende soorten. En dat zou toch niet moeten kunnen aangezien cytochroom c elke willekeurig volgorde kan aannemen en de evolutietheorie voorspelt dat na verwante soorten overeenkomstige sequenties hebben, en minder na verwante soorten grotere verschillen laten zien.
[Zhang en Chinnappa bijvoorbeeld] rapporteerden dat twee bloemplanten eerder een groep vormen met schimmels dan met ander planten. Dat is niet wat je zou verwachten. Nee inderdaad.
Wat Borger niet vermeld is dat de zaken niet zo simpel zijn als hij ze voorstelt. In 1 organisme zit namelijk niet 1 type cytochroom c gen en eiwit, maar 2. Mitochondrieen hebben hun eigen cytochroom c gen. Dit vervuilt de analyse en dat is 1 van de problemen die Zhang en Chinnappa uitgebreid bespreken. Een andere mogelijkheid bij deze planten is dat er een gist/schimmel gen in het genoom is ingebouwd via laterale gen overdracht, zoals ook via virussen wel eens gebeurt.
Blijkbaar wil Borger hier niets van weten, want hij vermeldt deze mogelijkheden niet. Aan het eind van het hoofdstuk zal blijken dat Borger ondanks bewijzen van het tegendeel niet geloofd dat laterale gen overdracht kan plaatsvinden.
Gezien deze data, kan de stamboom van cytochroom c nooit en te nimmer Darwins gemeenschappelijke afstamming op moleculair niveau weerspiegelen.
Borger overdrijft hier schromelijk. Ik heb hier nog een extra link van iemand die dus gewoon met de data die voorhanden zijn aan de slag is gegaan en laat zien dat er wel degelijk een afstammingsboom in de data zit, zoals je mag verwachten op basis van de evolutietheorie, en hij legt tevens uit dat deze methode (net als iedere andere methode) zijn beperkingen heeft, o.a. omdat het stuk gen voor cytochroom c in principe vrij klein is.
Borger suggereert aan de hand van een citaat dat het cytochroom c van de ratelslang ook vanwege een afwijkende sequentie opzettelijk buiten de analyse wordt gelaten. Dat dit onzin is blijkt wel uit dit volgende oefenblad waar iedereen lekker zelf een afstammingsboom kan opzetten op basis van cytochroom c sequenties. De ratelslang staat er gewoon tussen.
Het hoofdstuk eindigt met een sectie getiteld Praatjes vullen de gaatjes en dit gaat vooral over alle verklaringen die de ‘Darwinisten’ bedenken om de anomalieen weg te verklaren, maar ze begint eerst toch weer met data. En wel uit dit artikel uit Plos Biology waaruit Borger figuur 2A over heeft genomen in dit hoofdstuk.
Het stuk dat Borger heeft gekozen is de genetische analyse van de afstamming van de mens, de gorilla en de chimpansee met de vraag wie er het dichtst bij de mens staat, de gorilla of de chimpansee. Dit soort analyses is niet gemakkelijk. Vanuit fossielen is bekend dat de afsplitsing nog maar kort geleden is geweest. Het is ook bekend dat de drie soorten genetisch heel dicht bij elkaar staan. Overigens, twee bevindingen die onafhankelijk van elkaar het bestaan van een recente gemeenschappelijke voorouder ondersteunen.
Het vinden van werkbare genetische verschillen is in zo’n situatie niet eenvoudig. Het is zeer waarschijnlijk dat de hoeveelheid ruis door o.a. mutaties het afstammingsignaal ondersneeuwt. Er moet rekening worden gehouden met het feit dat er hier geanalyseerd wordt op de rand van het waarneembare. Iets wat Borger er voor het gemak maar even niet bij vermeld (anders heeft hij geen argument).
De analyses laten netjes zien dat wat als de meest waarschijnlijke afstamming wordt gezien (de mens en de chimpansee zijn na aan elkaar verwant, de gorilla staat iets verder van de mens) door alle drie wordt bevestigd. Er zijn echter genen die hier niet aan mee doen. Dit is een fenomeen dat door de auteurs homoplasie wordt genoemd.
Homoplasy: Shared characters found in different branches of a phylogenetic tree not directly inherited from a common ancestor; these may arise by chance [random mutaties] or selection.
Hier gaat Borger weer over de schreef.
Homoplasie is evolutionair jargon voor het voorkomen van precies dezelfde genen of genetische kenmerken in verschillende organismen, die men op basis van gemeenschappelijke afstamming niet zou verwachten.
Dat is op zich juist, maar dan zegt Borger
Dat is inderdaad wat we waarnemen voor een groot deel van de genen van de mens en de gorilla [niet waar! 20% van 100 genen]. En de verklaring is homoplasie. De theoretici zeggen hiermee dus eigenlijk dat vele genen van de mens meer op die van de gorilla lijken dan op die van de chimpansee, omdat de genen van de mens en de gorilla dezelfde genetische kenmerken hebben.
En:
Homoplasie is gewoon een moeilijk woord. Gebruikt om een observatie te obscureren [sic].
Niet dus. Borger suggereert hier een cirkelredenering die er niet is. Het fenomeen heet homoplasie (en is al veel langer bekend in de evolutietheorie), de verklaring hiervoor is random mutaties, of selectie in de richting van dezelfde functie voor dat gen of lichaamsdeel.
Aan het eind haalt Borger nog uit naar het begrip horizontale genoverdracht (1 van de mogelijke verklaringen van de anomalieën van het cytochroom c resultaat). Bij bacteriën komt dit veelvuldig voor, maar bij ‘hogere’ planten en dieren veel minder. Aan de hand van een artikel over mitochondriaal DNA van een struikje uit Nieuw Caledonie. Een recent voorbeeld vinden we in Amborella trichopada [sic].
Amborella trichopoda had 20 van 31 mitochondriale genen waarschijnlijk verkregen via horizontale genoverdracht.
In de moderne evolutiebiologie vliegen de mitochondriën gewoon van de ene naar de andere plant. Om Darwins gemeenschappelijke afstamming overeind te houden, moet men ook nog eens ad hoc postuleren dat deze kleine afgebakende celorganellen met elkaar kunnen recombineren.
Een beetje over the top geformuleerd, maar had Borger het artikel ook daadwerkelijk gelezen dan had hij kunnen zien dat er diverse referenties zijn die laten zien dat dit inderdaad kan.
Met andere woorden: In dit lange hoofdstuk komt Borger uiteindelijk na wat dwaalwegen (via de Tsarevitsj en Weismann) op een aantal anomalieën die hoogstens hier en daar, vanwege vreemde soortspecifieke eigenschappen een paar onduidelijke vlekjes op de genetische stamboom veroorzaken. Hij concentreert zich daarnaast op een rafelrandje van de stamboom (mens, chimp, gorilla) waar sowieso het oplossend vermogen laag is. Het grote bouwwerk komt hij echter niet aan. De afwijkingen die hij noemt zijn niet het einde van de theorie. Het zijn hoogstens zaken waarmee rekening moet worden gehouden wanneer er stambomen worden gemaakt.
Ik heb het filmpje al tig
keer gezien, het staat ook op mijn site.
Blijft een wow filmpje.
How can you encourage a child?
Use your imagination.
Dorien Kok
http://www.I-CARUS.info
Het Experiment van Milgram werd weer eens uitgevoerd, maar dan nu op de Franse televisie. In het kort: je stelt een vraag, als de tegenstander het antwoord fout heeft, dien je hem een stroomstoot toe en die stroomstoten worden steeds zwaarder tot een potentieel dodelijke aan toe. Acht van de tien deelnemers gaven daadwerkelijk die potentieel dodelijke stroomstoot.
In een volgende variant zou men dat eens met bloggers moeten doen. Ik vermoed dat er heel wat zijn die geen enkele moeite hebben om meteen met dodelijke stroomstoten te beginnen. De ultieme blogmoderatie. Snel, effectief en geen kans op reïncarnerende blogtrollen.
De "beste vaders van het dierenrijk" laten hun donkere kant zien.
In Nature van 18 maart staat een artikel over de donkere kant van de "beste vaders in het dierenrijk". Bij zeepaardjes legt het vrouwtje de eieren in een soort buidel en de mannetjes bevrucht deze eitjes dan. Soms gaat het mannetje echter niet zuinig om met de eitjes. Seksuele selectie is er aan de gang...
Originele artikel:
Paczolt, K.A. & Jones, A.G. (2010). Post-copulatory sexual selection and sexual conflict in the evolution of male pregnancy. Nature 464, pp: 401-404.
Al enige tijd volgen ruimtevaartsites met belangstelling de bouw
en tests van de nieuwe Falcon 9 raket. Deze raket van het bedrijf
SpaceX is geheel met private gelden gefinancieerd en de raket
moet later dit jaar vracht gaan brengen bij ruimtestation ISS.
Maar eerst moet de Falcon 9 zich nog bewijzen.
Vorige week dinsdag werd voor het eerst een motortest gedaan op
Cape Canaveral complex 40, maar een heliumklep wilde niet
opengaan bij het aftellen. Helium wordt gebruikt om de
turbopompen in de motor aan het draaien te krijgen. Het aftellen
werd afgebroken. Zaterdag kwamen alle 9 Merlin 1C motoren wel tot
ontbranding, waarbij ze 3,5 seconden 363.000 kilo duwkracht
leverden.
In Amerika wordt met belangstelling uitgekeken naar het reilen en
zeilen van de Falcon 9, waarmee in de toekomst wellicht
astronauten naar ISS gebracht kunnen worden. Daarmee zou Amerika
dan een alternatief hebben voor de Russische Sojoez en de dure
space shuttle, die volgens planning nog steeds dit jaar voor het
laatst zal vliegen. Dat niet alleen, maar sinds president Obama
het Constellation programma heeft geschrapt, is het toekomstige
bemande programma ook meer komen af te hangen van commerciële
raketten.

Terwijl de 9 motoren van de Falcon 9 ontbranden wordt de
raket op het lanceerplatform gehouden. De tweetrapsraket werkt op
kerosine en vloeibare zuurstof. Foto: Chris
Thompson/SpaceX
De lancering van de Falcon 9 met als lading een dummy van het
Dragon bevoorradingsschip vindt niet eerder dan 12 april
plaats.
Bronnen:
UniverseToday.com
Morgen is er een symposium in
Leiden over slaap georganiseerd door het Leiden
Institute for Brain and Cognition onder de titel Sleep(less)
in Leiden. Het wordt georganiseerd to address recent
developments in sleep research. Since ancient times it is known
that sleep is of paramount importance for normal human physical,
cognitive and emotional functioning, but only recently science
has become able to study normal sleep and sleep abnormalities in
much more detail.
Aangezien het georganiseerd wordt door het Institute for Brain and Cognition betekent dit dat er zeer veel aandacht zal zijn voor de relatie tussen slaap, leren en geheugen (en dromen).
Is there a relation between sleep and memory? Learning during sleep, a dream? What can science tell us about dreaming? Is it essential to our functioning or can we do without?
De organisatie is dan ook in handen van dezelfde persoon die mij een aantal jaren geleden al eens had uitgenodigd om over dit onderwerp te spreken.
Dat neemt niet weg dat het een interessante dag wordt.
Het begint met een voordracht over de biologische klok, gegeven door Joke Meijer uit Leiden. Vervolgens is daar Tracey Kahan (Santa Clara University) die over bewustzijn zal spreken. Er is een lunch en een postersessie waarna Eus van Someren (Leiden en Amsterdam) die over slaap, cognitie in veroudering, dementie en slapeloosheid zal spreken. Jan Born uit Lubeck zal daarna spreken over leren tijdens de slaap.
Na een theepauze is er dan nog een afsluiting door Bernhard Hommel (Leiden) Summary and thoughts from a sceptic. Of ik er dan nog bij ben weet ik niet, want eigenlijk heb ik dan andere afspraken.
Ook weet ik niet of ik naar Meijer en Van Someren ga. Die verhalen heb ik al eerder gehoord en aangezien het symposium aan de overkant van de straat plaatsvindt kan ik mij op elk moment terugtrekken en even wat nuttigs gaan doen.
Ayaan Hirsi Ali en het American Enterprise Institute
Ayaan Hirsi Ali wordt deze week door Leidse
studenten geïnterviewd.
Ik hoop dat er geledenheid zal zijn tot het stellen van zeer
kritische vragen, over haar nauwe politieke relatie met Wilders,
en haar liefde voor het American Enterprise
Institute.
Zowel in haar nieuwe boek “Nomade” alsook in een Volkskrant-interview in het magazine van 13 maart spreekt Ayaan zich vol liefde uit over de hawken van het AEI, de ‘grote broer”(Bart Jan Spruyt) van de Leidse neoconservatieve Edmund Burke Stichting.
Hirsi Ali: ‘Cheney’s vrouw Lynne is een collega van me bij het American Enterprise Institute. Zij zijn vrienden van me geworden.’ [Uitdagende blik] : ‘Ik kan alleen melden: Cheney is een ontzettend lieve man. Erg slim en beleeft. Als je binnenkomt, staat hij op. Hij praat heel zachtjes.’
Ik ben blij voor Ayaan dat Cheney aardig overkomt en zachtjes praat.
Maar toch ik hoop dat zij in het nieuwe interview een paar kritische opmerkingen zal maken over haar geliefde AEI.
“Het American Enterprise Institute is een uiterst invloedrijke denktank. Dit is de intellectuele thuisbasis van Dick Cheney en superhavik Richard Perle, die het Pentagon in de aanloop naar de invasie van Irak van advies diende. Hier wordt gesproken en gepubliceerd over de 'democratische dominotheorie', 'boeven- staten' en het 'morele recht om wraak te nemen voor 11 september en de daders te achtervolgen'. Dit is een bolwerk van de zelfbewuste macho's van de buitenlandse politiek. Het podium dat president Bush koos om te verkondigen dat uit de as van de bombardementen een vrij en vredelievend Irak zou opstaan.” (Algemeen Dagblad, 16-5-2006)
“Het conservatieve American
Enterprise Institute in Washington DC sponsorde in 2000 een
conferentie over 'een Amerikaanse nationale discussie over de rol
van dit land op het wereldtoneel', een discussie die belangijker
werd geacht dan de discussies die plaatsvonden na de
wereldoorlogen. 'Voor de derde maal in een eeuw', zo stelde het
instituut, 'bezinnen de VS zich op hun plaats in de wereld.'
Volgens de AEI gaat het hier om de Amerikaanse soevereiniteit:
'de mate waarin de Amerikaanse vrijheid van internationaal
handelen en het eigen interne bestuur - de eigen soevereiniteit
en constitutionele orde - door internationale organisaties en
afspraken mogen worden beperkt.'
[…] Conservatieven van het AEI nemen stelling tegen wat
zij zien als de progressieve voorkeur voor multilaterale
internationale afspraken waarmee de VS door het buitenland aan
banden worden gelegd. […] Op politiek gebied maken de
conservatieven zich druk over het multilateralisme van de VN
“ (Willem Pfaff, de Volkskrant 24-5-2000)
Ian Buruma: “Zelden - misschien nooit - in de Amerikaanse geschiedenis heeft een groep intellectuelen zoveel invloed uitgeoefend op het beleid van hun land als de neoconservatieven, verbonden aan organisaties zoals het American Enterprise Institute, waar Ayaan Hirsi Ali nu haar plaats heeft gevonden. Zij hebben toegang tot het Witte Huis van president Bush, het Pentagon, en het kantoor van vicepresident Cheney. En toch gedragen zij zich als een marginale groep, die voortdurend gebukt gaat onder het politiek correcte juk van het zogenaamde 'liberal establishment'.” ( NRC 7-10-2006)
Guido Derksen vat het programma en de huidige samenstelling van het AEI samen als volgt: “Deze denktank is gevuld met reborn christians, Bush-getrouwen, felle tegenstanders van homohuwelijk, abortus en euthanasie, hardcore neocons en haviken. […] Bijvoorbeeld Karl Zinsmeister, assistent van George W. Bush, en Lynne Cheney, de vrouw van vice-president Dick Cheney. Of David Frum, oud-tekstschrijver van president George W. Bush. En de oerconservatieve Newt Gingrich, van 1995 tot 1999 leider van de Republikeinen in het Huis van Afgevaardigden. Jeane Kirkpatrick, nóg conservatiever, en onder Ronald Reagan permanent VS-afgevaardigde in de VN.
Ook op de loonlijst bij het AEI […] Richard Perle,
bijnaam 'Prince of Darkness', voormalig onderminister van
Defensie onder Reagan en een van de architecten van de oorlog in
Irak. Eveneens een interessante collega […] is Charles
Murray.
Murray publiceerde in 1994 met Richard Herrnstein The Bell
Curve; Intelligence and Class Structure in American Life. In
deze controversiële studie zet Murray nauwgezet uiteen dat er
wetenschappelijk aantoonbare etnische en raciale verschillen in
intelligentie zijn. Zo zijn negers volgens Murray gemiddeld
dommer dan blanken. Ook betoogt hij dat mensen vooral vanwege hun
lagere intelligentieniveau in de onderklasse terechtkomen, en
niet vanwege raciale of sociale achterstellingen.” (de
Volkskrant, 30-8-2006)
De Amerikaanse jurist John Yoo, verbonden aan het AEI heeft in de VS de juridische grondslagen gelegd voor het plan dat van terrorisme verdachten zonder vorm van proces kunnen vastgehouden worden. Hij was de openlijkste en felste tegenstander van de anti-martelwet van de Republikeinse senator John McCain. Vindt dat folteren pas martelen mag heten als een orgaan van een ondervraagde definitief is beschadigd. ( Het Parool, 27-5-2006).
Ook Irving Kristol, lovend door Bart Jan Spruyt en Michiel Visser aangehaald[1] als auteur van Neoconservatism. Autobiography of an idea (1995) is nog steeds ( augustus 006) verbonden aan het AEI.
Ex-Pentagon medewerker Michael Ledeen, schrijver van The war against the terror masters is een van de huidige AEI-profeten en een echte revolutionair.
“ ‘Stabiliteit is een Amerika onwaardig doel. Er zit niets anders op: wij moeten de democratische revolutie voltooien.' Tegen The American Prospect zei Ledeen: 'Dit kan de oorlog blijken te zijn om de hele wereld opnieuw in te richten'.” (NRC 22-3-2003)
Ben Wattenberg, nog steeds fellow van het AEI, heeft al in 1990 een opmerkelijk boek geschreven, The First Universal Nation. “Onthoud over ons streven dit: Een unipolaire wereld is een goed idee mits Amerika de uni is.” ( NRC 1-11-1990)
Sommige invloedrijke intellectuelen hebben het AEI inmiddels verlaten, en hebben vaak carrière gemaakt in de regering Bush.
De neoconservatieve ideoloog John Bolton zat in het bestuur van het AEI. Hij beweerde “ dat 'er niet zoiets als VN bestaat'. Als staatssecretaris keerde hij zich tegen verdragen om spreiding van chemische wapens en kleine vuurwapens te voorkomen.” ( Het Financieele Dagblad, 8-3-2005)
“[Het] apocalyptisch wereldbeeld, waarbij Amerika door God is aangewezen om de wereld van het kwaad te verlossen, spreekt Bolton wel aan. “ (Trouw, 11-3-2005) . Het apocalyptisch wereldbeeld delen ayaan en de Leidse Burkianen met hun Amerikaanse vrienden, net als de afkeer van de VN.
Ook Dinesh D'Souza, auteur van The End of Racism (1995) had een onderdak bij het AEI gevonden. “De benarde positie van met name de zwarte onderklasse, betoogt hij, is puur het gevolg van morele slapte en sociaal disfunctioneren”; “aan racisme en discriminatie zou het niet liggen, en evenmin aan een gebrek aan huisvesting, banen en scholingskansen. Bron van alle kwaad is volgens The End of Racism de door de antropoloog Franz Boas (1858-1942) geformuleerde opvattingen over cultureel relativisme.“ (Thomas Bersee, NRC 9-12-1995) Het echo van deze meningen over de onderklasse komt men bij de Leidse Burkiaan Kinneging tegen; en Franz Boas als de oervader van alle kwaad komt men ook bij Paul Cliteur tegen. [2] “[ D'Souza] behoort tot de nieuwe generatie neo-conservatieve denkers, die met ambitieuze, spraakmakende boeken het maatschappelijk debat aanjagen en daarmee voor veel commotie zorgen”[3] – en de Leidse Burkianen wandelen in zijn voetspoor. Burkiaan Cliteur haalt in het voetspoor van Pim Fortuyn) D'Souza instemmend aan omdat deze de anti-decadentie discours van de moslimfundamentalisten hoog waardeert![4]
Ayaan Hirsi Ali en de Leidse Burkianen wandelen ook in het voetspoor van de prominente conservatieve intellectueel, oud-rechter en hoogleraar Robert Bork (70), verbonden aan het AEI. Bork is geobsedeerd door de 'generatie van zestig'. In zijn boek Slouching Towards Gomorrah (1996) […] geeft hij haar de schuld van de neergang van de Westerse cultuur, die hij meent waar te nemen.” (Menno de Galan, NRC, 2-8-1997)
Het waren de denkers van het AEI
die al een paar dagen na 9/11 met het inmiddels als onzinnig en
rampzalig bewezen idee kwamen, dat Al Qaeda en Saddam samen
werkten, en Saddam daarom wegmoest. Bert Lanting in de
Volkskrant, 20-9-2001: “Volgens Richard Perle,
voorzitter van de adviesraad voor het defensiebeleid, moet het
omverwerpen van het Iraakse bewind zelfs 'een van de voornaamste
doelen' van de oorlog tegen het terrorisme worden.
Een van de voornaamste pleitbezorgers van actie tegen Irak is
Laurie Mylroie van het conservatieve American Enterprise
Institute. Volgens haar steunt Irak Al Qa'ida, het terroristische
netwerk van Osama bin Laden, met geld en advies. 'Wij zijn in
oorlog met Irak. We moeten van Saddam Hussein afkomen.' Naar haar
mening is Bin Laden niets meer dan een stroman van de
Irakees.”
Het AEI groeide uit “tot een tekenkamer van radicaal neoconservatisme. Vooral over belastingpolitiek en de gewenste verhoudingen in de wereld wordt onbekommerd vooruit gedacht. De ideologische redeneringen die Oorlog tegen Irak wenselijk, ethisch verantwoord, militair een peulenschil en politiek een buitenkans maakten, kwamen in de afgelopen maanden steevast van de sterke-koffie-ochtenden van het AEI.” (NRC, 23-4-2003)
Bart Jan Spruyt over de aanwezigheid van de AEI-Amerikanen (“The New Atlantic Initiative”) op de Burke- conferentie in mei 2005: "De angst groeit in kringen van conservatieve Amerikaanse denktanks dat de VS Europa als bondgenoot aan het verliezen zijn. Europa islamiseert, menen ze. Dat Spanje na de aanslag van islamitische terroristen in maart vorig jaar voor een sociaal-democratische regering koos, is voor hen een belangrijk bewijs dat Europa er niet voor is om moslims te dwingen zich de Westerse waarden en normen eigen te maken." (NRC, 21-5-2005)
Deze bewoordingen herhaalt AHA bijna letterlijk in haar boek “Nomade”.
Het AEI is definitief méér dan een lieve club van aardige mensen.
[1] Zie Spruyts en Visser overzichtsartikel over neoconservatisme, Amerika bombardeert het Kwaad weg, de Volkskrant , Reflex, 19-4-2003.
[2] Paul Cliteur, Weg met het cultuurrelativisme, In: Jaffe Vink, De terugkeer van de geschiedenis. Cliteur neemt het in dit artikel op voor de sociaal-darwinist Herbert Spencer.
[3] Oscar Garschagen, de Volkskrant, 8-6-1996.
[4] Pim Fortuyn en de multiculturele samenleving, In: Civis Mundi , vol. 43 (2004), afl. 2, p. 82
Al een tijdje laat ik hier
opmerkelijke stellingen behorende bij proefschriften de revue
passeren. De meeste daarvan werden gepubliceerd op de site van de
Universiteit Leiden.
Een paar weken terug stond er de volgende stelling: Wie te vroeg juicht, heeft toch alvast plezier gehad. De stelling was van Anna Roukens, die 4 maart promoveerde bij geneeskunde.
Dit soort stellingen bij het proefschrift van een promovendus die niet direct iets met het proefschrift te maken hebben (tenminste ik neem aan dat dit het geval is bij deze stelling) is eigenlijk bedoeld om te laten zien dat de promovendus in staat is om ook over algemene zaken een positie in te nemen en desnoods verdedigen in een academische discussie.
Dat anderen op stellingen op het internet heel anders reageren bleek bij mijn jongste zoon. Ik las de stelling thuis en omdat ik hem wel aardig vond deelde ik hem met mijn zoon. Die dacht er helemaal niet aan dat hierover een aardige boom kon worden opgezet.
Zijn enige reactie was: Wat stem je? Voor of tegen?
Het wordt lente op het Aards noordelijk halfrond, maar ook op het
Martiaanse noordelijk halfrond. Wat lente op Mars betekent, dat
verschilt alleen enigszins. Op Aarde ontdooit waterijs en sneeuw.
Op Mars sublimeert (van vaste fase naar gas) kooldioxide ijs, ook
wel droogijs. En dat gaat kennelijk met wat geweld gepaard:
stoflawines om precies te zijn. De Mars Reconnaissance Orbiter
van NASA maakte onderstaande foto precies op het moment van zo'n
lawine.

Deze lawine valt van een hele steile klif. Het witte gedeelte
linksonder is het kooldioxide ijs. Waar het witte ophoudt ligt de
afgrond. De sublimatie van kooldioxide maakt stof los, dat in een
lawine naar beneden valt.
Dat is niet de eerste foto van een lawine op Mars. Vorige lente
wist de Mars Reconnaissance Orbiter er ook enkele in een foto
vast te leggen. Bernhard Braun, een amateur die met NASA
beeldmateriaal werkt, wist er onlangs nog een mooie 3D versie van
te maken.

Een lawine die MRO van boven fotografeerde in 2008, door
Bernhard Braun in perspectief gezet.
Bronnen: UniverseToday.com,
Bernhard Braun's gallery
.
ESA satelliet maakt closeup van Marsmaan Phobos
Vorige week kwam de Europese Mars Express een aantal keer langs
een van de twee manen van Mars, Phobos. Vandaag publiceerde ESA
de hoge resolutie foto's.

Phobos is een maan die zo licht is, dat hij wel hol lijkt. Toch
heeft Mars Express enige zwaartekracht van betekenis kunnen
detecteren. Volgend jaar moet een Russische sonde genaamd
Phobos-Grunt gelanceerd worden, die zal gaan landen op Phobos,
waarna een monster terug naar Aarde gestuurd wordt. De Mars
Express heeft alvast foto's van de landingsplaats gemaakt.
Bron: Mars
Express blog, ESA
portal
.
Zwitsers hebben echt andere omgangsvormen dan Amsterdammers. Gelukkig hebben we het boekje “Understanding Swiss culture beyond chocolate” in huis, geschreven door een Amerikaanse die een aantal jaar in Duitstalig Zwitserland heeft gewoond. Zij schrijft: (ik vertaal uit het Engels) “Zwitsers worden liever gerespecteerd dan gemogen. De beste manier om respect te tonen aan vreemden is hen met rust te laten.” Ze beschrijft ook dat Zwitsers een zeer strikte scheiding aanbrengen tussen zakelijk en prive en veel meer zaken als prive beschouwen. Het is dus niet onwaarschijnlijk dat je na jaren samenwerken niet weet of een collega getrouwd is, dat gaat je niets aan.
Mijn zusje was hier vorig weekend en beklaagde zich over de afstandelijkheid van de Zwisters. Ze was haar mobiel vergeten en vroeg aan de mensen naast haar op het terras of ze misschien hun telefoon even mocht lenen om haar zus te bellen, die nog op CERN was. Die mensen schrokken zich natuurlijk dood, die willen helemaal niet weten waar je die telefoon voor nodig hebt. Ze zeiden dan ook dat ze geen telefoon hadden. Hier is de slagingskans groter als je niets zegt en vraagt of je kort telefoontje mag plegen naar een Zwisters nummer. Een Amsterdammer zou willen weten wie je gaat bellen en waarom, een Zwister niet.
Ook in het openbaar vervoer ben ik al een aantal keer per ongeluk in de persoonlijke ruimte van mijn medereizigers gaan staan. Op de tramhalte doen mensen aan mijn weerszijden een stapje opzij als ik in het gat tussen hen in ga staan. Dat was geen gat, dat was persoonlijke afstand. In de tram stond laatst een jongeman met een heftig punk outfit en bijpassend haar drie haltes lang naar de lege stoel naast mij te kijken. Van mij kon hij zo gaan zitten, maar ik ga iemand ook niet vrágen om plaats te nemen. Na lang twijfelen liep hij op de stoel af, pakte met duim en wijsvinger de zoom van mijn rok die vijf centimeter over de lege stoel lag en schoof die in mijn richting. Deze wild uitziende punker haalde opgelucht adem, ging zitten en negeerde me verder netjes. Ik kon mijn lachen haast niet inhouden.
Op CERN gelden de Angel-Sacksische regels, dus daar is het wel geaccpteerd om naar de kinderen te informeren als je iemand ’s nachts uit zijn bed hebt moeten bellen. Ik vind dat wel zo aardig, eigenlijk.
De zoetwaterpoliep van het geslacht Hydra, een simpel diertje dat sterk verwant is met kwallen en koraal, heeft geen ogen maar is wel gevoelig voor licht. Het is moeilijk om ze in de natuur waar te nemen, want zodra er een lichte schaduw over ze valt, trekken ze zich als een bolletje terug. Nu hebben deze simpele, haast primitive diertjes geen ogen, maar een recente studie wijst uit dat ze gebruik maken van opsine, net zoals gewervelden.
Opsine maakt deel uit van ons oog. Deze proteine bevindt zich in de kegeltjes en
|
| Van internet: Hydra |
verandert van conformatie wanneer er licht op valt. Hierdoor worden ionenkanalen geactiveerd. Dit elektrische signaal bereikt via de zenuwcellen de hersenen.
De onderzoekers tonen aan dat de zoetwaterpoliep, net als wij, opsine heeft en daarmee dezelfde soort ionenkanalen activeert. Zodra ze de ionenkanalen blokkeerden waren de diertjes niet meer in staat te reageren op licht: ze worden dus net als bij ons gebruikt voor fototransductie.
De onderzoekers vergeleken daarna 22 zeer uiteenlopende dieren en toonden aan dat hydra’s en mensen opsine-genen bezitten die voortkomen uit een gemeenschappelijk voorouderlijk gen. Ze concluderen dat Hydra het meest primitieve dier is met functionele opsines en dat dit organisme de oorsprong van dierlijke fototransductie vertegenwoordigt. Dit systeem evolueerde vervolgens in het meer complexe oog.
Nu gebruiken creationisten vaak het argument dat het oog, zo complex als het is, nooit geëvolueerd zou kunnen zijn. Elk onderdeel van het oog heeft op zich namelijk geen functie als de andere delen ontbreken. Een half oog bestaat niet wordt er beweerd. Richard Dawkins gaf in 1991 zijn Christmas Lectures, (zie ook widget rechts) waarin hij op een leuke manier, waarbij hij de kinderen uit het publiek erbij betrekt, laat zien hoe het oog geëvolueerd kan zijn. Het filmpje hieronder is een ‘chop’ uit deze lezing en duurt slechts een kwartier. De moeite waard.
De onderzoekers (Plachetzki et al.) toonden eerder aan dat Hydra het gen voor opsine bezit.
Bron: NewScientist
Dit weekend op de Psychologie
kalender een aantal tips van mijn collega Caroline Kluft voor
mensen die moeite hebben zich aan te passen aan de
zomertijd.
1. Twee weken voor de start van de zomertijd niet te laat naar bed gaan (ook niet in het weekend) en niet uitslapen.
2. Het aanpassen van de slaaptijden voor de overgang.
Wie veel moeite heeft moet 2 weken voor de overgang beginnen met 10 minuten eerder naar bed gaan en 10 minuten eerder opstaan. Na 2 dagen wordt hier nog eens 10 minuten bij gedaan. Iedere twee dagen komen daar 10 minuten bij. Tegen de tijd dat de zomertijd ingaat zit je dan al op de nieuwe tijd (qua slapen dan).
Wanneer iemand minder moeite heeft kan, vanaf 6 dagen voor de overgang begonnen worden met iedere dat 10 minuten vroeger naar bed gaan en 10 minuten eerder opstaan.
De zomertijd in op 28 maart, dus deze aanbevelingen kwamen precies op tijd. Als het goed is wordt het aanpassen dan een stuk gemakkelijker.
Nu Job Cohen PvdA-lijsttrekker is vind ik het leuk
om zijn Leidse Cleveringa-rede van 2002 te herlezen
(te
downloaden in pdf).
Ik begrijp niet waarom Wilders en zijn vriendjes (de Leidse prof Ellian c.s.) Cohen met zo veel haat achtervolgen (zie Job_Cohen_versus_Ellian_en_Cliteur).
Cohen is helemaal niet een bijzonder linkse man; hij is een alleszins gematigde man. Waarom toch deze haat op een gematigde politicus met internationaal aanzien?
Ik ben het niet in alle opzichten met Cohen eens, hij is me een beetje te saai. Een bestuurder. Maar wat mij zeer bevalt, en waarin ik mezelf zeer in herken dat is zijn houding tegenover religie. Vanuit een seculiere houding heeft hij toch begrip en respect voor religie (zie Job Cohen: Sociaal-democratie en religie). Precies zo denk en voel ik ook.
Een ander aspect bij Cohen dat mij bevalt, is dat hij niet wegkijkt van de historische feiten wat de achtervolging van bevolkingsgroepen met een bepaalde religie betreft (Job Cohen: Auschwitz en de haat tegen de ander); zeker relevant in deze tijden als een Nederlandse populaire politicus een premier in spe miljoenen moslims willen deporteren.
In zijn Cleveringa-oratie vertelt Cohen, dat zijn moeder toentertijd zelf Cleveringa heeft gehoord, met grote instemming en een opgelucht gevoel. Net als veel andere liberale joden in Nederland ziet Cohen de hetze (mijn woordkeuze) tegen moslims met zorgen.
Verder gaat Cohen in zijn rede in op een aantal maatschappelijk ontwikkelingen die tot een sfeer van onrust en onvrede hebben geleid. Volgens hem is het helemaal niet alleen maar de aanwezigheid van moslims in Nederland die tot een gevoel van ontvreemding heeft geleid.
Hij gaat in op vijf verschillende maatschappelijke ontwikkelingen:
- Individualisering
- Democratisering
- Privatisering
- Globalisering
- Secularisatie
Cohen: “De immigratie is zoals ik eerder heb gezegd, slechts een onderdeel van een complex aan factoren die tot de huidige vervreemding hebben geleid – de vijf geschetste ontwikkelingen,individualisering, democratisering, privatisering, globalisering, en secularisatie zijner allemaal debet aan. De vreemde in onze samenleving is niet alleen de vreemdeling.
Ik heb vervolgens geprobeerd in kaart te brengen wat nodig is om al die vreemden,die verschillende individuen, die tezamen het huidige Nederland vormen, bij elkaar tekunnen houden, bij elkaar te laten horen. En ik heb u uiteengezet dat daarvoor nodig is een herstel van vertrouwen in elkaar en verantwoordelijkheid voor elkaar, en dat ondergebracht onder het begrip burgerschap. Vervolgens heb ik aangegeven dat burgerschap
steunt op twee pijlers: respect en het vermogen van onze samenleving (overheid en burgers tezamen) om een antwoord te vinden de desintegrerende aspecten van de vijf geschetste megatrends. Bij de eerste pijler (respect) heb ik verwezen naar het belang van ware tolerantie en het vermogen om met verschillen om kunnen gaan.
Bij de tweede pijler heb ik gewezen op het belang van:
a. Een overheid die in staat is om toezicht uit te oefenen en op te treden tegen overtredingen
van wetten en regels.
b. Burgers die zich aan de regels houden.
c. Het expliciteren van normen en waarden voor hen die de regels niet kennen.
d. Het samen formuleren van regels om de autoriteit van de regels te garanderen.”
Cohen is een man van verantwoording, burgerschap, en ja, normen en waarden. Er is best een overlap met van zijn ideologie en het CDA-denken, en ik vind dat juist goed.
Van het midden moeten we het hebben in deze tijden waar een aantal intellectuelen en politici de samenleving uit elkaar willen scheuren en het grootste heil voor de samenleving in polarisatie zien.
------------------------------------------------------
Ik ben een grote fan van Bert Wagendorp, en zie dan ook met grote vreugde dat hij OOK Cohens Cleveringarede erbij pakte, en bovendien over Ayaan Hirsi Ali zo denkt als ik.
Hier zijn column van 15 maart. Ik bereid een blog voor over Ayaan Hirsi Ali en Wientjes, dat was ik al van plna voordat ik Wagendorps column zag.
Bert Wagendorp
“Burgemeester
Volgens Ayaan Hirsi Ali is Geert Wilders goed voor Nederland, omdat mensen die op hem stemmen zo hun woede kanaliseren. Was dit niet mogelijk, dan zouden zij wellicht een 'gewelddadige confrontatie met radicale islamitische groeperingen' aangaan. Zij schreef dit zaterdag in het opiniekatern van NRC Handelsblad.
Niks veranderd, Ayaan, in Amerika. Stellig als de imam van Mekka en in het geheel niet bang voor de schromelijke overdrijving. Als we Ayaan mogen geloven is de PVV-stemmer helemaal geen bange blanke man, maar zou hij op kruistocht gaan als hij niet op Geert zou kunnen stemmen. En daarom is Wilders zo goed voor het land, hoewel ook Ayaan moet toegeven dat zijn voorstellen kant noch wal raken.
'Zijn uitzettingsplannen voor moslims zijn in de Europese Unie wettelijk niet haalbaar', constateert ze bijvoorbeeld, en je proeft enige spijt in haar pen. Bovendien kan Wilders geen meerderheid halen, 'omdat andere partijen niet met hem samen willen regeren'. Vier jaar volksvertegenwoordiger geweest, maar geen flauw idee van de ins en outs van het democratisch bestel in Den Haag.
'Ik ben de moeder van de chaos', zei ze in het Volkskrant Magazine - zelfkennis is zó ontzettend belangrijk. In verband met de publicatie van haar nieuwe boek Nomade stond Ayaan ook nog in de VARAgids, waarin ze beweerde dat Geert Wilders de verkiezingen gaat winnen. Maar dat interview was natuurlijk afgenomen vóór zich in de PvdA de grote Wisseling van de Roergangers voordeed.
Job Cohen had vrijdagmiddag zijn laatste woorden in het PvdA-hoofdkwartier nog niet gesproken, of Maurice de Hond sloeg als een waanzinnige aan het peilen. En jawel, de PvdA was in één klap de grootste partij en Cohen is de gedroomde premier van meer dan de helft van de Nederlanders.
Sta je dan, als Wouter Bos zijnde. Acht jaar je best gedaan, banken gered, gezin verwaarloosd, grijs geworden; en één dag na je vertrek schieten de peilingen omhoog en blijkt je opvolger de gedroomde premier.
Dat is hard en een ferme trap na. Iedereen verklaart hoe goed je was, maar je hebt je nog niet omgedraaid of de kiezers stromen toe en in je partij loopt iedereen te glunderen. Ze verklaren je dood en juichen de nieuwe koning toe. Zelfs Geert Wilders raakte er zaterdag helemaal door van de leg, in zijn Duitse hotelletje en moest haastig worden opgekalefaterd.
Ik las gisteren nog eens de Cleveringa Lezing die Cohen in 2002 hield voor de Leidse Universiteit. De titel luidde Vreemdeling. Hoewel het ruim zeven jaar geleden is en er sindsdien veel is gebeurd, is hij nog altijd actueel. Het is al een antwoord op Wilders, ver voor die zijn vragen de zaal in begon te schreeuwen.
En bepaald niet het antwoord van een multiculti-knuffelaar. Je leest tussen de regels door de strikte en harde jurist die de strenge Vreemdelingenwet ontwierp waarmee de politieke nietsnut Rita Verdonk later mooie sier maakte.
Geert is helemaal niet goed voor Nederland, zei werkgeversvoorzitter Bernard Wientjes zaterdag in de Volkskrant - die denkt er dus heel anders over dan Ayaan.
Ayaan moet de oude lezing van Cohen er nog eens bijpakken - dat komt haar eigen analyses vast en zeker ten goede.
En het 'keiharde gevecht' tussen Geert en Job, ik zie het er eigenlijk niet van komen. Het holle geschreeuw van Geert gaat niet werken, tegen meneer de burgemeester van Nederland.
Ayaan moet die oude lezing van Cohen er nog maar eens bijpakken”
-------------
Er is nog een grappige clou betreffende de column van Wagendorp. Hij heeft mijn blog zeker NIET gelezen ( niet dat ik dat ooit heb gedacht): hij citeert namelijk de titel van de rede van Cohen verkeerd. Wagendorp schrijft dat de titel “vreemdeling” luidde. Dat klopt niet. Zie de titel van mijn blog, en de link: de titel is ”Vreemden”, en dat is een groot verschil. Cohen heeft het namelijk over het gevoel van ontvreemding ook onder Nederlanders; en niet vanwege de immigratie maar vanwege een aantal ontwikkelingen in de moderne samenleving.
De komende maand is een drukke maand voor me. Maar liefst drie
presentaties in de pijplijn: een over Oracle database performance
(dat is mijn werk), een over presenteren (voor collega's van
Transfer Solutions) en een over Mars. Die laatste is voor het
Veluwe-weekend van Astroforum.nl en gaat over alles
wat we geleerd hebben over Mars vanaf de oudheid tot nu
(misschien lukt het me deze keer om de presentatie geheel op tape
te zetten, dan kan ik het op Youtube zetten). En dat "nu" kun je
heel letterlijk nemen, want nieuws over Mars kan elke dag
binnenkomen.
Zo kwam ik vandaag weer dit filmpje tegen. Wetenschappelijk
misschien niet schokkend, maar wel heel knap werk van de maker,
Adrian Lark van Mars3D.com. Hij
heeft van foto's van de Mars Reconnaissance Orbiter's HiRISE
camera een vlucht door het landschap van Candor Chasma gemaakt in
3D. Candor Chasma is een van de grootste uitlopers van de
gigantische kloof Valles Marineris. Valles Marineris is bijna
4000 kilometer lang en strekt zich over een kwart van de omtrek
van Mars.
Wat de video laat zien is op schaal, gezien vanaf een hoogte van
100 meter en met een snelheid van 160 kilometer per uur. Denk aan
een laagvliegende helicopter met haast. Je kunt de video het
beste full screen bekijken.
Bronnen: Planetary
Society blog, Wikipedia,
Mars3D.com
Youtube video channel
.
Sinds ik hier op CERN ben, heb ik elke keer een zakje dropjes bij
me naar de shifts. Ik wilde uitdelen tijdens "mijn" eerste
botsing. Dat was een half uur geleden! Echt gaaf.
Rond vier uur vanmiddag hebben we de "handshake procedure"
doorlopen. De shift leader krijgt dan een telefoontje van de
Common Control Center, de controle kamer van de versneller, dat
er binnen een half uur bundels zullen komen. Dan loopt hij
(vandaag is de shift leader een hij) langs de verschillende
subsystemen en geeft ons een kwartier om testen en calibraties af
te ronden. De meeste shifters pakken dan de telefoon en vertellen
de experts dat ze eventuele tests die zij op afstand doen moeten
stoppen. Ik was zelf geen calibratie aan het doen, dus ik kon de
detector meteen in stand-by zetten. Na een half uur loopt de
shift leader opnieuw een rondje en vraagt aan alle shifters van
de gevoelige systemen te bevestigen dat hun detector "ready for
beam" is. Dat is steeds een spannend moment, want áls jouw
systeem niet in de juiste status blijkt te zijn, krijg jij (en
als alles misgaat je detector ook) er goed van langs. Als alle
subsystemen in stand-by staan, neemt run control de besturing
over. Niet lang daarna doet de shift leader een kort telefoontje
naar de Common Control Center: "ATLAS ready for beam". Vanaf dat
moment is het een paar minuten heel stil in de controle kamer.
Iedereen kijkt naar het grote scherm. Als de LHC dan eerst een
tijdje tests doet, zoals vandaag, verslapt de aandacht
weer.
Het grote LHC scherm gaf vandaag al uren "Injection tests" aan,
dus ik zat de documentatie van een van de websites voor nieuwe
shifters aan te vullen. Toen ging ineens kort na acht uur het
beam alarm. Dat is een sirene die één keer gaat. Iedereen kijkt
tegelijk op: actie! De status van de versneller ging van "Setup"
naar "Injection probe beam". Een paar seconden later klinkt het
teleurstellende geluid van een WC die doortrekt. Dat betekent dat
de beam weer gedumpt is. Maar er is niets kapot, dus er wordt
direct opnieuw bundel in de versneller geschoten. Deze bundels
houden het langer vol. Ze houden het een minuut vol. Dan zie ik
op mijn scherm dat een aantal protonen elkaar per ongeluk hebben
gevonden en een signaal hebben gegeven. Yes! Een soort van
botsing. Mijn eerste!
De meeste collega's zijn net zo enthousiast als ik en stoppen het
dropje zonder nadenken in hun mond. Voor buitenlanders is de
smaak van drop vaak een verrassing, dus ik wist niet zeker of ik
ze een plezier zou doen. Maar ze hebben ingestemd met nog een
rondje dropjes op mijn tweede sessie botsingen.
|
|
|||
|
Na de verdediging van mijn proefschrift werd
mij het doctoraat
verleend.
|
||
|
Translator/tradutor: click/clique: Maandag 8 maart, 16.30 uur
Tot mijn grote verrassing begon de dag
wit. Er viel lichte sneeuw, de eerste sneeuw die ik zag
sinds eind december. Niet dat ik de sneeuw miste
overigens: de onvermijdelijke kou en verkeersoverlast kan
ik missen als kiespijn. Tegen de middag sneeuwde het nog.
Een van de twee paranimfen, een studievriend die reeds
sinds jaren is gepromoveerd, haalde mij met zijn auto op,
om gezamenlijk naar Nijmegen te reizen. Gelukkig zette de
sneeuw niet door en waren de wegen goed begaanbaar.
Nijmegen werd volgens schema op tijd bereikt.
Repetitie
We arriveerden anderhalf uur voor de
promotieplechtigheid. De familie arriveerde korte tijd na
ons. Om drie uur riep de pedel ons bij haar voor de
laatste instructies en een repetitie. Waar we moesten
gaan staan, en waar en wanneer we moesten gaan lopen. De
andere paranimf, een van mijn drie nichten, oogde
nerveus. Ze wist niet wat haar te wachten zou staan. En
daar stonden we dan, twee in rokkostuum en een in
bijpassende kleding, in zwart-wit. Tien minuten voor tijd
werden de aanwezigen opgeroepen in de Aula plaats te
nemen. De Aula is een moderne zaal met voorin de Corona
waar de opponerende geleerden plaats zouden nemen. Aan de
linkerzijde - vanuit de corona gezien - staat een
katheder waarachtig ik zou gaan staan tijdens mijn
verdediging. Het was bijna half vier. We wachtten op het
seintje van de pedel om de Aula binnen te
schrijden.
Verdediging
Elke Nederlandse universiteit kent
haar eigen rituelen en tradities tijdens de
promotieplechtigheid. In Nijmegen wordt de openbare
verdediging begonnen met een kort gebed, in het Latijn.
“Spiritus Sancti gratia illuminet sensus et
corda nostra". Wij bidden, dat de Heilige Geest ons
verstand en hart verlicht". Daarna mocht ik, na het
uitspreken van een korte formule, mijn voordracht
vertonen. Na deze voordracht, die gelukkig binnen de
tijdslimiet bleef, sprak ik een andere formule uit en
liet het woord aan de rector. Een voor een kwamen de
opponenten aan de beurt. Zeven hoogleraren en
gepromoveerde wetenschappers die elk raakvlakken hadden
met het onderwerp van mijn proefschrift, longemfyseem.
Elke opponent kreeg korte tijd - ongeveer vijf minuten -
om mij aan de tand te voelen over mijn proefschrift. De
vragen kunnen details in het proefschrift betreffen,
filisofisch van aard zijn, of raakvlakken vertonen met de
expertise van de opponent. Deze verdediging ging voort
totdat de pedel arriveerde, met haar rinkelstaf op de
vloer tikte, en sprak: 'Hora Est!'. Ik had geen
gelegenheid meer de laatste vraag van mijn promotor te
antwoorden. De tijd was om.
Doctoraat
Tijdens de verdediging voelde ik me
wel gespannen en nerveus, terwijl ik tot een uur ervoor
nauwelijks last had van de kriebels. Op het eind van de
verdediging, waarbij ik soms mijn antwoord op een vraag
bijna letterlijk uit mijn tenen moest halen ("hoe deed ik
deze telling precies, zo´n tien jaar geleden?". "Het
staat op bladzijde twee, linkerkolom, maar in welk
artikel?". "Ai, een foutje in mijn proefschrift, hoe dat
te verklaren?'), voelde ik de vermoeidheid in me opkomen,
en ik was blij en erg opgelucht, toen ik de pedel "hora
est' hoorde zeggen. Het was voorbij! Het is zeldzaam dat
het doctoraat niet na de verdediging wordt uitgereikt,
maar je weet het nooit, heerste mijn gedachte. Deze
gedachte dreef vlug weg, toen ik de pedel zag arriveren
met de herkenbare koker met daarin de bul. Ik heb het
gered! Nog een groter gevoel van opluchting en
blijdschap. Tijdens de verdediging
Hobbels
Na de promotie werd in besloten familie- en vriendenkring mijn doctoraat gevierd. Thuis bij mijn ouders. De volgende dag kon ik starten met een volgende missie: het nemen van enkele bureaucratische hobbels, die nog in de weg staan voor mijn verblijf en werk in Brazilië. Uittreksel geboorteregister, internationaal model. Ik had nog het geluk dat ik in het stadhuis van Breda arriveerde, na de bommelding en ontruiming. Het verkrijgen van het zogenaamde VOG-document, Verklaring Omtrent Gedrag, is een lastigere hobbel. Hiervoor moest ik naar Rotterdam, naar het Braziliaanse consulaat voor een verklaring waarom ik het document nodig had. De dag erop reisde ik naar Nijmegen, de laatste gemeente waar ik woonde voor ik Nederland verliet. Daar moest ik de aanvraag indienen voor het document. Met een beetje geluk zou ik dit document nog voor mijn vertrek uit Nederland eind maart kunnen legaliseren bij het consulaat in Rotterdam. Het legaliseren van mijn doctoraat is een lastige opgave. Eerst dien ik in Groningen bij de Informatiseringsbank en bij de rechtbank twee stempels te halen. Dan mag ik naar Den Haag, naar het Ministerie van Buitenlandse Zaken voor een tweede stempel. De derde stempel wordt door het consulaat in Rotterdam verstrekt. Niet voor niets deze procedure een legalisatietraject genoemd, voor mij een afstand van enkele honderden kilometers in het kleine Nederland.
En dan...
En dan?, vroeg menigeen zich openlijk
af. Wat denk je met je behaalde doctoraat te gaan doen?
Het doctoraat is zonder twijfel een sleutel die veel
deuren op mijn weg wat verder zal kunnen openen. Ik zou
als docent in mijn vakgebied aan de slag kunnen, bij een
particuliere universiteit. Een grote uitdaging, aangezien
ik dan mijn colleges in het Portugees zou moeten geven.
Een andere optie is terug te keren naar het laboratorium,
om onderzoek te leiden in mijn vakgebied. Een derde optie
zou meer in de communicatieve en coördinatieve richting
kunnen zijn, zoals externe relaties met
onderzoeksinstituten buiten Brazilië. Niet ondenkbaar,
gezien mijn uitgebreide talenkennis en mijn
internationale ervaring. In de komende weken en maanden
zal duidelijk worden welke weg ik zal
inslaan.
Eerdere
bijdragen: |
||
Deze week een hoop gedoe binnen een linkedin discussie die me te
veel een ad hominem discussie werd. Ik heb er op een gegeven
moment de stekker uitgetrokken omdat ik niet meer in debat wil
gaan met sommige personen. Het enig nuttige wat er wel uit deze
linkedin discussie gekomen is is de vraag of ik een brief
ondertekend had. Het gaat om:
http://www.sense.nl/openbrief
en ik vind inderdaad dat deze brief waardevolle punten bevat. En
daarom heb ik mijn adhesie betuigd. Het is inderdaad waar dat het
IPCC fouten heeft gemaakt, de brief legt uit hoe dit komt en hoe
je ermee om moet gaan, tevens doen ze m.i. een aantal nuttige
suggesties.
Ernst Schrama
Dit is een hoofdstuk vol met
mensen en dieren die ergens een gen missen. Het begint met
angiogenine, een woord dat in het Nederlands vrijwel niet
bestaat, maar het Engelse angiogenin
is een stofje dat voor groei van bloedvaten zorgt bij de groei
van een tumor. Zoals Borger terecht opmerkt maakt dit het stofje
interessant voor oncologen, omdat zonder bloedvaten een tumor
niet kan groeien en het beïnvloeden van angiogenine kan de groei
van tumoren dus ook beïnvloeden. Het zou voor oncologen dus
interessant kunnen zijn om te zien wat er gebeurt wanneer je een
angiogenin knockout muis kunt maken. In een muis zitten volgens
Borger echter drie kopieen van het angiogenin-gen [in
tegenstelling tot de mens, die heeft er maar 1]. Ze vormen
een natuurlijk back-upsysteem. [waarom heeft de mens die
niet?] En om een informatieve knock-outmuis te verkrijgen,
zouden alle drie kopieen tegelijkertijd moeten worden
uitgeschakeld. En dat is een hele klus. Daar zou een biologisch
researchteam jaren mee bezig zijn. Of dat laatste zo is waag
ik te betwijfelen. Commerciële laboratoria kunnen nu binnen een
half jaar een knock-out muis naar keuze voor je maken. Je laat ze
de drie knockouts maken en met een paar slimme kruisingen heb je
al gauw een muis waar alle drie de genen ontbreken (als hij
overleeft natuurlijk).
Maar goed. In de natuur is echter een natuurlijke knock-out van agiogenin aanwezig. Het is de roodscheendoek. In dit dier is het angiogenine gen gemuteerd en werkt niet meer. Toch overleven deze dieren in het wild en dus is het volgens Borger een redundant gen, omdat andere systemen deze taak kunnen overnemen. We weten echter niet hoe goed dit systeem dat doet. Bovendien blijkt uit de literatuur dat angiogenine wel degelijk een functie vervult in gezonde cellen en dat bovendien ALS patiënten mutaties hebben in hun angiogenine gen en wel degelijk een fenotype hebben. Waarom hierover niets te lezen valt in het hoofdstuk van Borger is onduidelijk.
In ieder geval ging Borger op basis van voorgaande ontdekking in de roodscheendoek op zoek naar genen waarvan men weet dat ze door een inactiverende mutatie niet meer tot expressie kunnen komen in een deel van de menselijke populatie. Er blijken er vele van te bestaan.
De eerste is alfa-actinine. Hiervan zijn twee versies ACTN2 en ACTN3 die voor eiwitten coderen met corresponderende nummers (2 en 3). Nummer 2 komt in alle skeletspieren voor, nummer 3 in de snelle spieren die we gebruiken voor sprinten. Dit onderzoek vond zijn oorsprong in Australie waar gekeken werd naar mensen met spierziekten, maar al gauw bleek dat er onder de normale gezonde bevolking ook veel ‘mutanten’ leefden. Een relatief grote groep mist nummertje 3 zonder opvallende klachten. Conclusie van Borger: Bij de mens kan het alfa-actinine 3 gen dus zonder meer worden gemist. Ik zou daaraan willen toevoegen dat dit geld voor de moderne westerse mens. Waarom ik dat wil toevoegen komt verderop aan de orde.
Uit ander onderzoek blijkt dat snelle sprinters vaker twee kopieen hebben van nummer 3. Omgekeerd hebben duursporters twee kopieen van nummer 2 en geen nummer 3. Het beeld dat Borger schetst is dat voor duursport nummer 2 voordeel biedt en voor sprinten nummer 3. Bovendien zijn er goede duurlopers die natuurlijke knockouts zijn voor nummer 3. Uit deze gegevens concludeert Borger dat nummer 3 niet essentieel is en dat dit gen dus niet via natuurlijke selectie kan blijven bestaan omdat er geen permanente selectiedruk op staat. We hebben het hier echter over extreme specialisten (duurlopers danwel sprinters), terwijl het in het dagelijks leven in de wildernis waarschijnlijk beter is om een beetje evenwichtiger te zijn en zowel te kunnen sprinten en een duurloop te kunnen doen.
Volgens Borger kan nummer 3 geen essentieel gen zijn, want op essentiële genen staat een permanente selectiedruk. En dat laatste is volgens Borger dus niet het geval:
Om het bestaan van het ACTN3-gen te verklaren zou er op de sprintprestaties een permanente selectiedruk moet [sic] hebben gestaan dat werd beloond met meer nakomelingen. Hoewel Darwinisten altijd aannemen dat onze voorouders steeds slimmer werden en hun natuurlijke vijanden wisten te ontlopen, moeten we nu aannemen dat ze de dagen doorbrachten met sprinten. Wellicht om hun natuurlijke vijanden voor te blijven. Hoe anders werd het ACTN3-gen geselecteerd.
Hier blijkt weer een gebrek in Borgers idee over de werking van natuurlijke selectie. Borger doorziet niet, dat het eigenlijk zo is dat 1 keer niet snel genoeg sprinten een onmiddellijke dood (of handicap) tot gevolg had. Het is dus niet, zoals Borger suggereert, dat onze voorouders dag-in-dag-uit aan het sprinten zouden moeten zijn om dit gen te selecteren. Nee, af en toe (of zelfs maar 1 keer in een jong mensenleven) een sprintje op leven en dood is genoeg om het gen te blijven selecteren.
Op dit gebrekkige inzicht blijft Borger jammer genoeg nog 2 pagina’s doorkauwen.
Dan volgt het verhaal van de Fin Eero Maentyranta. Een zeer getalenteerde langlaufer die vanwege een genetisch defect, als het ware, aan natuurlijke EPO doping deed. Zonder verdere referenties, of vermelding van het aantal kinderen van Maentyranta en zijn familie weet Borger te vermelden dat deze mutatie geen effect heeft op de fitness van het individu. Of dat waar is wordt verder niet onderbouwd. Wikipedia weet te melden dat Maentyranta een conditie heeft die Polycythemia vera heet en dat dit niet zonder gevolgen is voor de patient (trombose, hartaanvallen, beroertes etc…). Borger verkoopt hier dus hele dikke plakken kletskoek.
Het laatste gedeelte gaat over AIDS resistentie in verband met een mutatie op het CCR5 gen, een onderwerp dat op Borgers blog in een vrij lugubere discussie ook al aan de orde kwam. Borger beweert in dit hoofdstuk opnieuw dat het CCR5 gen redundant is, hoewel we daar in de discussie al hebben gezien dat het ontbreken of muteren van CCR5 mensen gevoeliger maakt voor een ziekte zoals bijvoorbeeld westnijl, een virus dat veel besmettelijker is dan HIV. Zo’n gen redundant noemen kan dus alleen in een situatie waarin de drager niet besmet kan worden met westnijl.
Met andere woorden: Of een gen redundant is hangt dus volledig af van de situatie waarin een organisme zich bevindt.
En zo zijn we weer terug bij af. Borger laat mensen en dieren graag in een redelijk beschermde omgeving opgroeien (lab, westerse samenleving en, toegegeven, vindt 1 obscure uitzondering in het wild), en wil niet weten waarom bepaalde genen aanwezig zijn, is zeer snel tevreden en roept zo snel mogelijk Redundant! omdat alleen dan hij gelijk krijgt.
Zodra er een functie voor het gen wordt gevonden is het argument van tafel. Borger wil dus wel graag dat er knockouts worden gevonden of geproduceerd, maar vervolgens nieuwsgierig zijn naar de functies van genen past niet in de filosofie van Borger, want iedere functie die gevonden wordt bewijst dat hij niet gelijk heeft.
Technoarcheologie op 40 jaar oude satellietbeelden
Toen in de jaren zestig satellieten beelden terugstuurden van de
maan en van het weer, stuurden ze die foto's analoog door zoals
toen TV beelden verstuurd werden. Deze signalen werden opgeslagen
op magnatische tapes: grote spoelen met data. Daarna werden deze
gegevens verwerkt tot 35mm foto's. Dat gaf een goed beeld van de
maan en het weer op Aarde, maar de oorspronkelijke gegevens
bevatten veel meer informatie dan in die foto's getoond kon
worden.
Zo werden bijvoorbeeld 1500 magnetische tapes met fotomateriaal
door de Lunar Orbiters (5 satellieten) verzameld. Nadat mensen op
de maan geweest waren, werden deze Ampex FR-900 tapes opgeslagen
in Maryland. In de tachtiger jaren werden ze gestuurd naar JPL in
Californië, waar NASA medewerkers ze onderhielden en een poging
dezen om ze te digitaliseren op nieuwe tapes. Maar ze kregen daar
niet genoeg subsidie voor en ook in latere jaren lukte het niet
om geld hiervoor aan te trekken.

Dit is het soort tapes waar je aan moet denken bij de tapes
waar de data van de Lunar Orbiters op staat.
Zo bleven de tapes een tijd liggen in een schuur in Sun Valley,
Californië. En dat is maar een voorbeeld van hoe historisch NASA
materiaal terechtkomt. Ook tapes van Apollo zijn op vergelijkbare
wijze her en der verdwenen. Maar in 2007 wisten twee van de
originele NASA medewerkers iemand te vinden die de tapes van het
Lunar Orbiter programma alsnog wilde digitaliseren. Ze hadden
toen de oude hardware om de tapes af te spelen al gekocht. Tapes
en de laatste werkende Ampex FR-900 tape-drive in de wereld
werden naar NASA Ames Research Center gebracht, waar het Lunar
Orbiter Image Recovery Project aan de slag ging. Een voormalig
McDonalds restaurant werd omgebouwd tot "McMoon", zoals de
De tape drive speelt af en 44 jaar oude maanbeelden
verschijnen op het scherm.
Het team van vrijwilligers begon met het restaureren van de
eerste foto van de Aarde die vanaf de Maan gemaakt was met de
Lunar Orbiter 1. In 1966 werd het "de foto van de eeuw" genoemd.
Maar tegen het eind van de eeuw hebben we zoveel monumentale
foto's gezien, dat we die historische foto wellicht een beetje
vergeten zijn. Met software van nu konden die gegevens van de
jaren zestig alsnog tot hun recht komen. De nieuwe Lunar Orbiter
foto's kregen nu een resolutie die gebruikt konden worden als
vergelijkingsmateriaal met de Lunar Reconnaissance Orbiter die
vorig jaar gelanceerd werd.

Een vergelijk tussen de foto uit 1968 en die uit 2008, onder
het origineel. Recht in de foto uit 2008 is te zien hoe klein de
originele foto is in dezelfde resolutie.
Het Lunar Orbiter Image Restoration Project trok de aandacht van
diverse organisaties. Van diverse kanten kwam hulp. Een tweede
tape drive werd gerestaureerd en in werking gezet. Daarmee kon de
productie van verbeterde foto's verhoogd worden. Ook
reserve-onderdelen werden in ondergestofte dozen gevonden en
opgestuurd naar het team. En ook op Ebay blijkt een bron van
extra onderdelen en tapes te zijn. In 2009 doneerde het bedrijf
Lockheed Martin een clean room voor de tape apparatuur. In de
jaren zestig stonden deze tape drives ook in ruimten met
stofvrije lucht en niet in voormalige restaurants. De clean room
verbeterde de omstandigheden voor de gevoelige tape drives. Van
de kast-grote, meer dan 40 jaar oude, FR-900 tape drives zijn er
nog maar weinig over, maar vorig jaar wist het team een tweede
tape drive te verkrijgen.

Rotsblokken rond de krater Copernicus, genomen door de Lunar
Orbiter V in 1967. Op dit detail van een veel grotere foto kun je
het verschil in resolutie zien. Links de orginele foto uit 1966
en rechts de restaureerde foto.

De wanden van de krater Copernicus. Dit was volgens Time Life
het beeld van de eeuw.
Werden oorspronkelijk alleen foto's van de Lunar Orbiters
gerestaureerd, inmiddels is het LOIRP ook begonnen met een
experiment met oude weerfoto's van Nimbus weer- en
aardobservatie-satellieten. Tussen 1964 en 1978 zeven Nimbus
satellieten gelanceerd. Met de Nimbus-1 werden de eerste globale
weerfoto's genomen. De Nimbus-4 begon als eerste de ozonlaag in
kaart te brengen, hetgeen later leidde tot de ontdekking van het
gat in die tegen schadelijke UV-straling beschermende laag. De
Nimbus-satellieten hadden een hoge resolutie infrarood radiometer
(HRIR) met een resolutie van 8 kilometer, een medium resolutie
infrarood radiometer (MRIR) en een Advanced Vidcon Camera (AVCS).
Met die camera's is onder andere de bedekking van de Aarde met
sneeuw en ijs in kaart gebracht en ook die gegevens staan op
FP-900 tapes. In die gegevens is het National Snow and Ice Data
Center geïnteresseerd.

Een foto van NimbusII van Azië op 23 september 1966,
geprojecteerd over Google Earth. Net alsof je aan het tijdreizen
bent met moderne apparatuur.
Je kunt al raden waarom: klimaatgegevens zijn hot. Het NSIDC
heeft toegankelijke gegevens met betrekking tot sneeuw- en
ijsbedekking vanaf 1978. Met deze gegevens van de Nimbus
satellieten plakken ze daar nog even een decennium aan vast. En
dankzij de huidige restauratietechnieken gaat het kwaliteit
beelden opleveren. Maar dan moet men wel nu beginnen met
restaureren. Want de wetenschappers van het Nimbus project zijn
ook niet meer de jongsten en zij weten hoe de Nimbus-gegevens
zijn opgeslagen.
Het restaureren van de Nimbus data bleek moeilijker dan verwacht,
als gevolg van overtollige gegevens, ontbrekende algoritmes, en
andere kwesties. Maar het resultaat was een globale foto van de
Noordpool gemaakt door Nimbus II op 23 september 1966, in een
hogere resolutie dan ooit gezien van dit soort gegevens. Deze
datum valt rond de tijd dat Arctische zee-ijs de minimum omvang
zou hebben bereikt.

De zuidpool door de Nimbus II op 23 september
1966.
Met name foto's van rond het Arctisch minimum zijn waardevol. De
omvang van de bedekking van de Aarde met sneeuw en ijs op het
minimum zeggen iets over het klimaat. Tot het überhaupt berekenen
van die sneeuw- en ijsomvang waren computers in de jaren zestig
en zeventig niet in staat. Nu wel. De Nimbus fotografeerde niet
volcontinue, dus het is niet helemaal zeker of de foto's beelden
van alle jaren op het Arctisch minimum bevatten, maar men heeft
goede moed. Als het project succesvol is zou maximaal 14 jaar
extra van dit type klimaatgegevens toegevoegd kunnen
worden.
Hoewel LOIRP succesvol is, toont het wel aan hoe makkelijk we
oude gegevens dreigen te verliezen, en niet alleen in de
ruimtevaart. Deze FP-900 tapes zijn na 40 jaar nog bruikbaar (Het
team kijkt inmiddels zelfs uit naar een nog ouder type tape dat
50 jaar oud is). Digitale media, zoals de CD en DVD, zijn minder
lang houdbaar en wie zegt dat ze straks nog in te lezen zijn? Wie
heeft nu nog een 5,25 inch floppy drive in z'n PC? Volgens
sommigen laten we waarschijnlijk een "Digital Dark Age" achter.
Tegenwoordig is vrijwel alles digitaal tot en met de
onbelangrijkste vakantiefoto's. Historici van morgen zullen het
nog lastig gaan krijgen.
Maar ja, misschien vergaat het, qua historisch materiaal van de
ruimtevaart, het Westen dan nog wel beter dan Rusland. Dit
gebeurde er met de kopie van de maanrover Lunokhod.

Bronnen: Moonviews,
National
Snow and Ice Data Center, SpaceRef,
NASA,
Wikipedia.
Dit wordt zo’n dag waarbij je op een gegeven ogenblik gaat denken dat je te veel hooi op je vork hebt genomen.
’s Morgens geef ik van 8:30 tot 10:30 college als introductie op het practicum dat vandaag van start gaat.
Daarna heb ik een half uurtje voor mezelf.
Vervolgens moet ik een uur bij een voordracht van een studente zitten die haar stage afrond (journalclub heet dat bij ons).
Van 12 tot 13 heb ik een vergadering met de wetenschapscommissie van de Nederlandse Verengiging voor Slaap- Waak onderzoek.
Van 13:30 tot 15:30 geef ik dan voor de tweede keer de introductie op het practicum omdat de organisator van het blok vindt dit makkelijker roosteren (de groep van 70 studenten is in twee groepen van ongeveer 35 gedeeld ivm praktische opdrachten).
En dan mag/moet ik naar huis. Mevrouw Agricola werkt sinds de zomervakantie ook en ik vang op donderdagmiddag de kinderen op en zorg dat er eten op tafel staat.
Een gorilla op Mars? Op het Internet geldt volgens sommigen als
iets op een foto of video ergens op lijkt, dan is het dat ook.
Dat geldt helemaal voor ruimtevaartfoto's. Hoe werkt dat? Op
Internet kan een papiersnipper in de cabine van de shuttle een
UFO worden, als deze op video net voor het raam langszweeft. Een
heuvel op Mars die onder bepaalde lichtcondities op lage
resolutiefoto's lijkt op een gezicht van een man, dat is
pertinent een boodschap van Marsbewoners aan de Aarde, zelfs als
later deze heuvel een ingestorte hoop zand blijkt. Geen punt, dit
slaan we op onder "complot" en we zoeken gewoon verder.
Maar NASA en ESA maken het soms wel lastig. Want met die camera's
die objecten van slechts een meter doorsnee op Mars in beeld
brengen, daar kun je onmogelijk piramides van een oude Martiaanse
beschaving (dit verzin ik niet) mee vinden. Te veel detail, snap
je. En dan die Mars rovers. Even overweeg je je hobby (het overal
"vinden" van buitenaardse beschavingen) op te geven, maar dan, na
lang speuren in de uit honderdduizenden foto's bestaande
archieven van de Mars rovers, vind je het: een gorilla op
Mars.

Ja, lach maar. Dit werd afgelopen week gepubliceerd in het
gerenommeerde en prestigieuze wetenschappelijke Engelse tabloid
The Sun. I kid you not. En ook hier geldt: als het er op lijkt,
dan is het eerste dat in je opkomt waar. Een zilverrug gorilla op
Mars van ongeveer 65 cm hoog (zo blijkt uit de stereo-opname en
enige trigoniometrie). Leven op Mars bevestigd. Prachtig. Mooi te
zien hoe het leven zich aanpast, ondanks het feit dat in geen
velden of wegen het favoriete voedsel van de gorilla te vinden is
(fruit en bladeren). Toch overleeft hij. Ook al is er slechts één
gorillafoto gevonden. Die beesten zijn sluw, hoor.
De ontdekking komt ook op een prachtig moment: NASA's rover
Spirit zit vast in een kuil met zand, dus die kan onmogelijk even
terugrijden en zeggen: "nee hoor, kijk maar: het is een steen".
Een Internet-mythe is geboren. Jammer alleen, dat Spirit niet
terug hoeft te rijden, omdat het vlak na die onthullende foto uit
2004 vlak langs de gorilla kwam. De oplettende lezer zag het al
lichtjaren ver aankomen: het blijkt inderdaad een steen.

Klik voor nog meer gorilla-foto's.
Om de die-hard gorilla-spotters te overtuigen dat deze rots
inderdaad geen gorilla is, zette Doug Ellison, beheerder (en in
eigen woorden dictator for life) van Unmannedspaceflight.com de
foto's om in 3D in dit filmpje:
Mensen zijn goed in het herkennen van patronen. Een beetje erg
goed soms. Dat is waarom er mensen zijn die Jezus zien in
geroosterd brood, de bruining van een banaan, een vlek op het
toilet (dit verzin ik ook niet) of een brandpatroon op een
strijkijzer (dit verzin ik ook niet). Het fenomeen heet
pareidolie: het verschijnsel ligt er waarschijnlijk in dat de
hersenen behoefte hebben om verbanden tussen gegevens te leggen,
ook als deze er eigenlijk niet zijn. (Op de Bad Astronomy blog
tref je
een heuse verzameling) aan.
Pareidolie is niet nieuw in de wereld van de kosmos. Zo vond men
in de 19e eeuw al kanalen op Mars (na een verkeerde vertaling uit
het Italiaans van het woord canali. Canali kunnen ook natuurlijk
zijn). Ontdekker Percival Lovell bleef jaren na veel tegenbewijs
volhouden dat er ruim voldoende bewijs was voor intelligent leven
op Mars, maar de elite van wetenschappers wilden niet luisteren.
We hebben de (gegraven) kanalen op Mars nooit gezien. Percival
Lovell zag overigens ook kanalen op Venus, waarvan we nu weten
dat je het oppervlak nooit door de dichte bewolking kunt
waarnemen, behalve met radar.
Van degenen die op fora zeggen te geloven in gorillas op Mars
zijn bovendien een deel grappenmakers die wetenschappers of
mensen die zich in de vrije tijd bezig houden met wetenschap,
graag een loer draaien. Dit zijn mensen die gewoon graag een
vuurtje stoken. Het zijn die mensen die fora bezoeken om oude
vetes weer eens aan te wakkeren. Dus het werkelijke aantal mensen
dat gelooft in gorillas op Mars is vermoedelijk nog lager en ik
gok dat het aantal boven de 18 verwaarloosbaar is. Ik heb een
zo'n Mars-anomalie-forum bezocht. Het gaat in dit geval echt om 1
of 2 leden.
Soms lijkt het wel of slechts weinig mensen een beetje kritisch
willen nadenken over wat ze denken te zien. Zeker in het geval
van de gorilla op Mars. Maar dat is volgens mij een vertekening
dat Internet, of misschien wel de hele media geeft. De meest
extreme stellingen vallen het eerste op en worden het eerst
doorgegeven op andere blogs, maar ik ga zover te zeggen dat die
meningen niet maatgevend zijn voor de samenleving. Toch krijg je
dat beeld wel als je bijvoorbeeld reacties bij fora en blogs
leest. En misschien verandert dat de samenleving toch. Of is dat
een te grote conclusie naar aanleiding van een steen op
Mars?
Bronnen: UniverseToday.com,
Planetary
Society blog,
Io9.com,
Mars Anomalies
Je hoort er niet zo veel over, maar China heeft plannen om een
ambitieus ruimtevaartprogramma uit te voeren. Het was al weer in
2003 dat Yang Liwei de eerste Chinese astronaut werd aan boord
van de Shenzhou 5. Daarna volgde Shenzhou 6 met twee astronauten
in 2005 en in 2008 Shengzou 7 met drie astronauten, waarvan er
een een ruimtewandeling uitvoerde in 2008. Daarna was het weer
even stil.
Maar in eind 2011 komt daar verandering in als China haar
ruimtestation gaat lanceren, de Tiangong 1 (Hemels paleis in het
Nederlands). Het ruimtestation is qua omvang vergelijkbaar met de
Saljoet ruimtestations van de Sovjets. De module biedt
waarschijnlijk ongeveer de leefruimte van een caravan. De
Tiangong 1 zal waarschijnlijk gebruikt worden om wetenschappelijk
experimenten uit te voeren, maar militaire toepassingen moet je
niet uitsluiten. Er zal waarschijnlijk ook het nodige aan
observaties gedaan worden.

Het Tiangong 1 ruimtestation dat volgend jaar gelanceerd moet
gaan worden.
Ook werd onlangs bekend gemaakt dat vrouwelijke astronauten
gerecruteerd waren. Alleen getrouwde vrouwen maakten een
kans.
Eind oktober wil China haar tweede maansonde lanceren, de Chang'e
2. Deze satelliet heeft een hoge resolutie camera aan boord
waarmee objecten met een doorsnede tot 1 meter gefotografeerd
kunnen worden. Daarmee doet de Chang'e 2 niet onder voor de
laatste Amerikaanse Lunar Reconnaissance Orbiter. De Chang'e 2
moet bijvoorbeeld in staat geacht worden om sporen van de Apollo
missies op de foto te zetten.
Voor China is de Chang'e 2 belangrijk voor het kiezen van een
landingsplaats van de maanlander van de Chang'e 3 missie. Deze
lander zal een maanrover op het oppervlak zetten. Drie maanden
lang moet de rover rondrijden, geholpen door een radio isotoop
generator (zodat de rover de koude nachten kan overleven). In
2017 wil China ook een sample return missie uitvoeren. Daarbij
moet 2 kilo bodemmonster teruggebracht worden naar Aarde. Dat is
tot nu toe alleen Amerika (bemand) en de Sovjet Unie (onbemand)
gelukt.

Het lastig om beeldmateriaal op Internet te vinden over het
Chinese ruimtevaartprogramma. Dit is een van de weinige foto's
van de Change'3 lander.
China verwacht dat haar eerste bemande maanlanding tussen 2025 en
2030 een feit is. Maar voor het zover is, zal China eerst nog een
krachtiger raket nodig hebben. De eerste lancering van de Lange
Mars 5 wordt in 2014 verwacht. Deze raket zal in staat zijn om
25.000 kilo in een baan om de Aarde te brengen.
Bronnen:
Space.com,
UniverseToday.com
Er bestaat al langer het idee dat bacteriën verbonden kunnen zijn via nanodraden. Via deze uit proteïnen-bestaande nanodraden kunnen ze electronen transporteren, waardoor groepen bacteriën als een superorganisme kunnen werken. Het artikel hierover in New Scientist komt met een populaire titel waarin verwezen wordt naar de film Avatar.
Nieuw bewijs voor het bestaan van deze nanodraden komt van een groep uit
|
|
Van Internet: vertikale opwaartse elektronenstroom (in blauw);
X+ en Y- resp.
positieve en negatieve ionen |
Denemarken. Ze haalden monsters van de zeebodem naar het laboratorium. De zwavelbacteriën die in de zeebodem huizen, oxideren waterstofsulfide (H2S). De electronenacceptor is zuurstof. Het blijkt in het laboratorium, dat als uitsluitend de bovenste laag zeebodem blootgesteld wordt aan zuurstof, er ook binnen korte tijd in de onderste laag oxidatie van waterstofsulfide plaats kan vinden. Dit betekent dat de bacteriën in de onderste laag in staat zijn electronen kwijt te raken ook al is daar nog geen zuurstof aanwezig. De enige mogelijkheid is dat er nanobedrading bestaat van proteïnen zoals cytochromen ofwel pyrite waarlangs deze electronen naar boven vervoerd kunnen worden om geaccepteerd te worden door het zuurstof in de bovenste laag. Deze bedrading is nog niet geobserveerd, maar de groep gaat er zeker naar op zoek al wordt dat zoeken naar een speld in een hooiberg.
Hoe cytochromen electronen binnen een cel vervoeren kan in dit filmpje gezien worden.
|
|
| Van internet: een Na'vi |
Het artikel in New Scientist vergelijkt deze elektronenstroom met wat zich afspeelt in de biosfeer van Pandora, de maan waar het Na’vi-volk woont, in de film Avatar. Op deze maan kunnen planten en dieren zich via een bedrading (een soort zenuwstelsel) met elkaar verbinden. Het is een leuke vergelijking, maar gaat in de context van dit artikel wel een beetje erg ver.
Het laatste decennium van de
vorige eeuw bracht ik grotendeels door in het
laboratorium.
Zo begint onze monnik van de wetenschap dit hoofdstuk. Hij heeft bijna anderhalve bladzijde nodig om te komen tot het punt waar hij ons hebben wil, namelijk dat hij in die periode merkte dat in sommige biologische systemen, o.a. de systemen waar hij naar keek (cytokines), een interessante overlap in functies zit.
Ik leerde dat twee of meer verschillende cytokines exact dezelfde of een gelijksoortige functie hebben en elkaar kunnen compenseren als de expressie van 1 ervan verloren gaat. Het bleek dat verschillende cytokines eigenlijk precies hetzelfde deden.
Hier wordt door Borger niet precies geformuleerd. Of het is precies hetzelfde of het is een gelijksoortige functie. Borger maakt die keuze (bewust?) niet, maar wanneer het om redundantie gaat is dit heel belangrijk. Je kunt alleen van redundantie spreken wanneer eiwitten niet dezelfde aminozuurvolgorde hebben (dus twee verschillende eiwitten zijn), maar daarbij wel precies, maar dan ook precies, dezelfde functie hebben. Zodra het gaat om een situatie waarbij het ene eiwit het andere gedeeltelijk kan vervangen omdat het een gelijksoortige functie vervult (maar niet precies dezelfde) is er niet sprake van redundantie. Dan kun je nog wel spreken van een nuttige eigenschap die het systeem robuust maakt tegen uitval, maar redundant (=overbodig) is het dan zeker niet omdat ieder eiwit op zijn eigen plaats zijn eigen unieke functie vervult. Precies definiëren en precies een functie omschrijven is hier dus zeer belangrijk en juist dat ontbreekt in dit hoofdstuk.
Genetische redundantie was een van de ontdekkingen van de nieuwe biologie. Omdat het alleen onder heel extreme omstandigheden aan het licht komt [maar hij vertelt niet wat die omstandigheden zijn], was het voorheen onopgemerkt gebleven. Genetische redundantie blijkt echter een algemene eigenschap van levende systemen te zijn. Het betekent, zoals ik in twee hoofdstukken [dit hoofdstuk en het volgende] zal beargumenteren, zonder meer het einde van Darwins selectieprincipe ter verklaring van de biologie.
Vervolgens vertelt Borger hoe je een gen verwijdert uit een muis en zo een knock-out muis maakt, zodat je door de uitval van eigenschappen bij de knock-out muis kunt onderzoeken wat de functie van het verwijderde gen is. En... dit stukje klopt, voor zover ik kan zien.
En hoewel ze in vele opzichten enorm hebben bijgedragen aan onze biologische kennis, was er ook een onverwachte verrassing: de knock-out zonder fenotype. Als alle genen een meetbare fitnessfunctie en een selecteerbare waarde zouden hebben, dan zouden alle knock-outs een meetbaar, aantoonbaar fenotype moeten hebben. Maar dat is niet zo! De meeste knock-outs doen het gewoon prima.
Hierover is al uitgebreid op het blog van Borger gediscussieerd. Mijn standpunt is dat je wel echt naar de muis moet kijken en meten (voorbij groei en ontwikkeling in de fokafdeling van het proefdierlaboratorium) voordat je kunt beweren dat er echt sprake is van afwezigheid van een fenotype. Daar zijn tegenwoordig speciale laboratoria voor. De sprong naar het meten van fitness is dan nog een stukje verder omdat je dan zult moeten laten zien dat een groep knock-out muis in staat is zich te handhaven in een omgeving waarin ook de controle wildtype (genetisch gelijk aan de knock-out muis maar met een intact gen) muizen leven. Moeilijke experimenten, die bij dit soort vragen toch gedaan moeten worden.
Vervolgens komen er voorbeelden
van zogenaamde knock-outs zonder fenotype langs. Dit zou
interessant kunnen zijn als Borger de moeite had genomen
referenties naar de originele artikelen te geven, maar dat doet
hij niet en dus is dit stuk niet te controleren. We moeten hem
vertrouwen op zijn woord en zijn mooie blauwe ogen.
Het eerste voorbeeld gaat over
interleukine 3, interleukine 5 en GM-CSF, maar bevat geen enkele
referentie naar de originele literatuur. Er is 1 verwijzing naar
een artikel uit 1987 (nog meer state of the art biology,
weet u wel), waar ik weinig mee opschoot. Zoeken in de literatuur
is een naald in een hooiberg. Er zijn letterlijk 10 duizenden
artikelen over geschreven.
Het tweede geval gaat over calmoduline (ook 10 duizenden artikelen) en er wordt verteld dat ze werden uitgeschakeld in celculturen. In tegenstelling tot deze verwachting [dat er effecten van de uitschakeling zouden worden gevonden] werden er vrijwel geen verschillen waargenomen met betrekking tot groei en levensvatbaarheid… Vrijwel geen verschil betekent niet hetzelfde als geen verschil. Ook hier weer een vage formulering en geen referentie waar we het kunnen controleren, maar ik neem aan dat 'vrijwel' hier betekent dat er wel verschillen waren, maar dat die door Borger niet geacht worden belangrijk te zijn.
De volgende groep is de SRC genen (hier en hier kwam dit in zijn blog aan bod en we hebben er nog een derde keer over gediscussieerd, maar dat blog is blijkbaar vanwege ‘censuur’ verdwenen). Op zijn blog zegt Borger nog dat 4 van de leden van de SRC familie redundant is. In het boek is het al terug gebracht tot 3 (wat in principe onderschrijft wat ik hierboven heb gezegd, meten is weten en je vindt waarschijnlijk wel een fenotype), maar Borger vertelt er niet bij welke dit zijn, dus controleren kun je ook dit niet (over src zijn meer dan 7000 artikelen geschreven).
De 2R hypothese (zie vorige hoofdstuk) komt hier weer langs, omdat acht genen van de SRC-familie ook niet in overeenstemming zijn met de 2R-hypothese. Weet u nog wel, de stroman uit hoofdstuk 6? Borger gebruikt dan een halve pagina voor een citaat van Andrew Martin uit Molecular Biology and Evolution over SRC genen waarin Martin aangeeft dat er een aantal zaken zijn die wat betreft de afstamming van SRC genen nog niet begrepen worden, maar dat ze wellicht wel begrepen kunnen worden wanneer translocatie en selectie mee worden genomen in de analyse.
Borger echter heeft genoeg aan het feit dat de SRC genen niet binnen de 2R-hypothese passen (maar wat zoals ik in het vorige hoofdstuk aangaf nou niet echt als bewijs tegen evolutie kan worden gezien), en schrijft Alle naturalistische hypotheses, hoe mooi ze ook mogen ogen, kunnen we weerleggen door de waarnemingen die we doen in het genoom. Als we naar de biologische feiten kijken, is het duidelijk dat Darwins selectie geen rol van betekenis kan hebben gespeeld bij het ontstaan van de SRC-familie. Het vreemde is dat het citaat van Martin in de vorige alinea juist eindigt met het idee dat selectie de verklaring is. Waarom Borger het niet eens is met Martin wordt door Borger niet verder uitgelegd en is voor zover ik kan nagaan nergens op gebaseerd.
Vervolgens gaan we naar koeien zonder prion eiwit die geen BSE (gekke koeien ziekte) kunnen krijgen. Een onderwerp waar ik zelf over geblogged heb. Ook het prion gen is volgens Broger redundant want koeien zonder dat gen zijn heel normale koeien [die] zich niet onderscheiden van koeien die het prioneiwit wel gewoon tot expressie brengen. Een uitgebreide analyse van het fenotype bracht geen in het oog springende afwijkingen aan het licht. De koeien planten zich eveneens prima voort zonder het prioneiwit. Een knock-out zonder fenotype dus.
In dit stuk staat een onwaarheid.
Er is namelijk geen uitgebreide analyse van het fenotype
gedaan, tenminste niet in het stuk dat hij citeert (en ik volg
deze literatuur dus wel omdat ik zelf op dit gebied heb
gepubliceerd en ik heb het beest nog niet weer voorbij zien
komen). Ten tweede besluit Borger hier om het over de koe zonder
prion-gen te schrijven terwijl er 10-15 jaar eerder al een prion
knockout in de muis bestond. Ik weet echter wel waarom hij die
niet als onderwerp heeft gekozen. Die muis heeft namelijk wel
degelijk een fenotype (o.a. slaap en biologische ritmen zijn
anders), en dan kun je natuurlijk niet meer schrijven dat het
prion gen redundant is. Dus neemt Borger een koe waarbij precies
hetzelfde gen is verwijderd, maar die nog geen twee jaar geleden
is gepubliceerd en waar nog niet zo goed naar is
gekeken.
Het zelfde verhaal krijgen we nog een keer over histon genen en uiteindelijk komen we bij de zeeraket (arabidopsis) en de publicatie van Bouche en Bouchez waar hier op het blog van Borger al flink over is gediscussieerd.
Wat ik concludeer is dat Borger (vrijwel alleen) literatuur accepteert waarbij een knock-out organisme voor het eerst wordt gepubliceerd en waarin is geconcludeerd dat het verwijderen van het gen geen zichtbare of ernstige gevolgen heeft. Dieren waar al wat langer mee wordt gewerkt en waar dan wel wat wordt gevonden loopt hij met een grote boog omheen. Daarnaast blijft hij negeren dat alleen groei en ontwikkeling niet zo heel veel zeggen over de functie van een gen en dat er experimenten moeten worden ontwikkeld waarbij het gemuteerde organisme echt onder druk komt te staan, desnoods in concurrentie met het intacte organisme. Het artikel van Bouche en Bouchez waaruit hij citeert over de genen van de zeeraket vermeldt dit ook, maar juist dit stuk negeert Borger volledig en zijn lezers komen dit dus niet te weten.
Blijkbaar heeft Borger liever dat er niet goed naar een genetisch gemanipuleerd organisme wordt gekeken en er snel wordt geconcludeerd dat een gen redundant is dan dat er beter en langer onderzoek wordt gedaan om uit te vinden wat de functie van een gen nu precies is. Een nogal anti-wetenschappelijke houding.
Wat me nu ook begint op te vallen is dat sinds hoofdstuk 5 er niet meer echt een afrondende boodschap is. De hoofdstukken zijn een opsomming van voorbeelden maar eindigen zeer abrupt met een laatste voorbeeld, waarna er niet meer een concluderende statement staat waaruit duidelijk wordt wat Borger er nu eigenlijk zelf van vindt en waar hij naar toe wil. Dat laatste maakt dat het geheel toch een beetje als los zand aan elkaar hangt.
Een andere eigenaardigheid is dat ook in dit hoofdstuk het woord zooggewervelde wordt gebruikt. Dit is dus geen incident en het is gek dat dit niet opviel bij het proeflezen.
P.S.
Er staat een
interview met Peter Borger op pagina 22 van het
'wetenschappelijke magazine' Weet
(=creationisten blaadje met de
allure van KIJK of Quest) met de titel Darwins broodje aap.
Online onleesbaar, maar een gratis exemplaar kan worden
aangevraagd.
Voor wie nieuwsgierig is naar de doelstellingen van het tijdschrift, kijk hier, dit stukje spreekt boekdelen:
Feiten zijn feiten. Die blijven staan zoals ze zijn. Maar daar waar het de uitleg van de feiten betreft, daar maakt Weet.magazine het verschil. Want door welke bril kijk je naar de feiten? Zie je de Neandertaler als een slimme aap, zoals evolutionisten doen? Of was het gewoon een mens? Is het heelal door een grote knal ontstaan of was er Iemand Die het vormde?







